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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005869

染色体: Chr01 坐标: 74623630-74624504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005869
名称SmilChr01G005869
描述receptor-like protein 35
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74623630 - 74624504 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013161
GeneID131013161
locus_tag-
NCBI NameLOC131013161
原始查询LOC131013161

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 35
产物receptor-like protein 35
ArabidopsisAT3G11080 (RLP35)
receptor like protein 35 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820279]
identity=44.4; qcov=0.704; evalue=2.66e-20; confidence=low
RiceOs11g0172150
-
identity=38; qcov=0.955; evalue=5.94e-25; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797187.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057797187.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797187.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797187.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797187.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74623659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:74623661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C46
Chr1:74623694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:74624133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B70,B74
Chr1:74624143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B70,B74
Chr1:74624163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B134
Chr1:74624174 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A4,B12,B66,C13
Chr1:74624174 T TC 1bp_insertion CDS_variant 4 A4,B12,B66,C13
Chr1:74624308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C75
Chr1:74624333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C75
Chr1:74624356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:74624471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797187.1
179 aa
N
1
90
179
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF23598 LRR_14 11-125 aa PF00560 LRR_1 17-38 aa PF00560 LRR_1 66-88 aa PF13855 LRR_8 66-125 aa PF00560 LRR_1 90-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797187.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 11 125 1.9e-11 44.1 Leucine-rich repeat region
XP_057797187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 17 38 1.7e-13 48.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 66 88 1.7e-13 48.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797187.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 66 125 3.2e-09 37.1 Leucine rich repeat
XP_057797187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 90 112 1.7e-13 48.6 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941204.1
ATGGGTCTTGTCGGAACCCTCGCACCAGAAATCGGAAATCTTTCTTTCCTTGTCTCTTTAAATGCGAGCGAAAACTCTTTTCATGGCCCCATTCCCCCATCCATCTTCAACATGTCATTTCTAGAAGTTTTGGAAGTAAGGAATAATAGTTTGTCGAGTAGTTTACCTCTTGATATGTGCATACACAATCTGCATAGACTCAAGAGGCTTCGTTTGTCTTACAACGAGATGTATGGGGAAATACCATCGAGTTTGGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013161
ATGGGTCTTGTCGGAACCCTCGCACCAGAAATCGGAAATCTTTCTTTCCTTGTCTCTTTAAATGCGAGCGAAAACTCTTTTCATGGCCCCATTCCCCCATCCATCTTCAACATGTCATTTCTAGAAGTTTTGGAAGTAAGGAATAATAGTTTGTCGAGTAGTTTACCTCTTGATATGTGCATACACAATCTGCATAGACTCAAGAGGCTTCGTTTGTCTTACAACGAGATGTATGGGGAAATACCATCGAGTTTGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797187.1
MGLVGTLAPEIGNLSFLVSLNASENSFHGPIPPSIFNMSFLEVLEVRNNSLSSSLPLDMCIHNLHRLKRLRLSYNEMYGEIPSSLEKCSQLEYLSLVNNTFSGFVPREIGNLTKLQILYLGVNKLTDDAGMLGAAWLGYFWLATEAPRRGDDDRRRRKRRQSEEAVATATGIDRPETRE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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