当前解析结果
SmilChr02G002360| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002360 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002360 |
| 描述 | diacylglycerol O-acyltransferase 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 41378458 - 41380096 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013472 |
|---|---|
| GeneID | 131013472 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013472 |
| 原始查询 | LOC131013472 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | diacylglycerol O-acyltransferase 3 |
| 产物 | diacylglycerol O-acyltransferase 3 |
| Arabidopsis | AT1G48300 (DGAT3)diacylglycerol acyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841250] identity=36.2; qcov=1.05; evalue=1.05e-40; confidence=medium |
| Rice | Os05g0137300- identity=39.2; qcov=0.414; evalue=1.09e-18; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF28697 (DGAT3_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013472 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797547.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.60000 | XP_057797547.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797547.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797547.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797547.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:41378592 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | A3,B101,B15,B21,B3,B31,B50,B56,B66,B93,B96,C86,D5 |
Chr2:41378699 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:41378917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr2:41378947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B29,B93,C2,C31 |
Chr2:41379134 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,C14 |
Chr2:41379178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr2:41379224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,B55,B56,B96,D7 |
Chr2:41379523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:41379819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797547.1PF28697
DGAT3_N 99-179 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797547.1 |
Pfam | PF28697 |
DGAT3_N | Domain | 99 | 179 | 1.2e-28 | 100.1 | DGAT3 N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。