Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002504

染色体: Chr02 坐标: 43533842-43537575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002504
名称SmilChr02G002504
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43533842 - 43537575 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013598
GeneID131013598
locus_tag-
NCBI NameLOC131013598
原始查询LOC131013598

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
产物3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G46290 (KASI)
3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834671]
identity=84.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0445700
-
identity=82.8; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004315 (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00780 (Biotin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00109 (ketoacyl-synt); PF02801 (Ketoacyl-synt_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057797705.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057797705.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057797705.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797705.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43534125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr2:43534144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr2:43534179 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr2:43534179 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr2:43534204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,C27,C43
Chr2:43534234 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C63
Chr2:43534234 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C63
Chr2:43534337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797705.1
468 aa
N
1
234
468
ketoacyl-synt
Ketoacyl-synt_C
C
PF00109 ketoacyl-synt 56-302 aa PF02801 Ketoacyl-synt_C 311-422 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797705.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 56 302 8.3e-58 196.7 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
XP_057797705.1 Pfam PF02801 Ketoacyl-synt_C Domain 311 422 3.4e-35 121.3 Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941722.1
GGTTGGAATTGCAATTTAGGAAATGTGAGGAAGGCGAAGTATCCAATCAAAATGTGAGACAATAAAACCCCCTTCACAGCTCCATCAACCTTAACCCCTTCACCCAAACCTCATCAATACCACCTCGTTCCCATCGCCATTCTTGCCGCCATGCAATCCCTCAACTCCGTCGCGCTCCGCCCCTCCCCTCTCGACCCGCTCCGCTCCGGCGCCCTGCCTGGGAGCACCAGCGCCAGGCTTCCCGCCAAGAAGAAGCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013598
ATGCAATCCCTCAACTCCGTCGCGCTCCGCCCCTCCCCTCTCGACCCGCTCCGCTCCGGCGCCCTGCCTGGGAGCACCAGCGCCAGGCTTCCCGCCAAGAAGAAGCTCCCATTCAAGGTCTCCGCCTCCGCCGCCGCGGCGCCCAAGCGGGAGACGGACCCCAAGAAGCGCGTGGTGATCACGGGCATGGGGCTGGTCTCCGTGTTCGGGAACGAGGTTGACGCCTACTACGAGAAGCTGCTGAGCGGCGAGAGCGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797705.1
MQSLNSVALRPSPLDPLRSGALPGSTSARLPAKKKLPFKVSASAAAAPKRETDPKKRVVITGMGLVSVFGNEVDAYYEKLLSGESGITLIDRFDASKFPTRFGGQIRGFNSEGYIDGKNDRRLDDCLRYCIVAGKKALESADLGGEKINKIDKIRGGVLVGTGMGGLQVFSDGVKALIEKGHRKITPFFIPYAITNMASALLAIDLGLMGPNYSISTACATSNYCFYAAANHIRRGEADLMIAGGTEAAIIPIGLGGFVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器