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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002073

染色体: Chr03 坐标: 31675770-31682506 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002073
名称SmilChr03G002073
描述glutathione S-transferase T1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向31675770 - 31682506 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014084
GeneID131014084
locus_tag-
NCBI NameLOC131014084
原始查询LOC131014084

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T1-like
产物glutathione S-transferase T1-like
ArabidopsisAT5G41210 (GSTT1)
glutathione S-transferase THETA 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834123]
identity=55.1; qcov=0.971; evalue=1.74e-99; confidence=high
RiceOs11g0588300 (OsGSTT1)
-
identity=55.8; qcov=0.929; evalue=6.36e-94; confidence=high
GO-
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797992.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057797992.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797992.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797992.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:31676007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B59,C15
Chr3:31676178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C48
Chr3:31676284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B11,B123,B89
Chr3:31681607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C58
Chr3:31681892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,B98,C50
Chr3:31682241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B28,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797992.1
241 aa
N
1
120
241
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
GST_C_2
GST_C_3
C
PF02798 GST_N 1-75 aa PF13417 GST_N_3 9-80 aa PF13409 GST_N_2 14-76 aa PF13410 GST_C_2 132-201 aa PF14497 GST_C_3 135-205 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797992.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 1 75 2.5e-16 60.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057797992.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 9 80 1.1e-10 42.4 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057797992.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 14 76 6.8e-10 40.1 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057797992.1 Pfam PF13410 GST_C_2 Domain 132 201 9.4e-09 36.0 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057797992.1 Pfam PF14497 GST_C_3 Domain 135 205 0.00013 22.8 Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942009.1
ACGTGAAAGTGGAAGGAGACAGCCAGCAAATCATGTGCCAGCAAGAGCAAAGAAACAGTCCACGTACGTTGTATGCACCATAATAATATTTAGATTGATATAAAATTGAAAATACACAAAACCACAATTCCATTCCAAAATCTGTATTCCTCTCTGTGAGTCAAGGGGGAAGAAAAATGGAGCTCAAAGTCTACTGCGATCGCCTGTCCCAGCCATCACGCGCAGTTCTCATCTTCTGCAAAGCAAACGGGATCGAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014084
ATGGAGCTCAAAGTCTACTGCGATCGCCTGTCCCAGCCATCACGCGCAGTTCTCATCTTCTGCAAAGCAAACGGGATCGAGTTTGAGGAGGTTAAGATTGATCTTGGCAAAGGGCAAAACCTCTCCGCCGAATATGCAGAAGTGAATCCCATGAAACAAGTACCAGCTATTGTGCATGGTGATTTCAAGCTTTTTGAGAGTCATGCAATACTTATTTATCTAGCTTCTGCATTTCCTGGAGTTGCTGATCACTGGTACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797992.1
MELKVYCDRLSQPSRAVLIFCKANGIEFEEVKIDLGKGQNLSAEYAEVNPMKQVPAIVHGDFKLFESHAILIYLASAFPGVADHWYPADVRQRAKVHAVLDWHHSNLRRGSVGFIFNNTISLAFGIPADSEAAAKGEKLLSACLARIESFWLQDGPFLLGNSKPTLADLALVCEIMQLEAGDLNDRDRIVSPYKRVLKWMEDVKSASAPHFEEVHAIMGPVREHLKQLKIQATHKSDSTEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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