当前解析结果
SmilChr03G002073| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002073 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002073 |
| 描述 | glutathione S-transferase T1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 31675770 - 31682506 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014084 |
|---|---|
| GeneID | 131014084 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014084 |
| 原始查询 | LOC131014084 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T1-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T1-like |
| Arabidopsis | AT5G41210 (GSTT1)glutathione S-transferase THETA 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834123] identity=55.1; qcov=0.971; evalue=1.74e-99; confidence=high |
| Rice | Os11g0588300 (OsGSTT1)- identity=55.8; qcov=0.929; evalue=6.36e-94; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014084 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057797992.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057797992.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797992.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797992.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797992.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:31676007 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B59,C15 |
Chr3:31676178 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C48 |
Chr3:31676284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B11,B123,B89 |
Chr3:31681607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C48,C58 |
Chr3:31681892 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B95,B98,C50 |
Chr3:31682241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B28,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797992.1PF02798
GST_N 1-75 aa
PF13417
GST_N_3 9-80 aa
PF13409
GST_N_2 14-76 aa
PF13410
GST_C_2 132-201 aa
PF14497
GST_C_3 135-205 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797992.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 1 | 75 | 2.5e-16 | 60.5 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057797992.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 9 | 80 | 1.1e-10 | 42.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057797992.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 14 | 76 | 6.8e-10 | 40.1 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057797992.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 132 | 201 | 9.4e-09 | 36.0 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057797992.1 |
Pfam | PF14497 |
GST_C_3 | Domain | 135 | 205 | 0.00013 | 22.8 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。