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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003622

染色体: Chr03 坐标: 54888984-54891618 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003622
名称SmilChr03G003622
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g25390
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54888984 - 54891618 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014496
GeneID131014496
locus_tag-
NCBI NameLOC131014496
原始查询LOC131014496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g25390
产物receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g25390
ArabidopsisAT2G45590 (AT2G45590)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819167]
identity=50.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0251700
-
identity=45.5; qcov=0.923; evalue=7.6e-172; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014496

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798468.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798468.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798468.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798468.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798468.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54889275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B71
Chr3:54889304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr3:54889328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr3:54889334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr3:54889339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:54889340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:54889344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D6
Chr3:54889355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B13,B72,C46
Chr3:54889362 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B68,C17,D9
Chr3:54889362 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B68,C17,D9
Chr3:54889366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C55,D6
Chr3:54889402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798468.1
718 aa
N
1
359
718
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00069 Pkinase 97-256 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 97-260 aa PF00069 Pkinase 573-685 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798468.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 97 256 2.8e-32 112.9 Protein kinase domain
XP_057798468.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 97 260 5.3e-31 108.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798468.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 573 685 2.8e-32 112.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942485.1
TTATAAGAAAAAAATTAGTAAAAAAATTGATCATTATATTTATACATTAATGCATGACATTAGAGATAATACTAAAAGTGTTGAATAAATCCAACGGCCAGAAGCGTATGTACAAGTGTTGGAGCAAAAAGGGGGAAGGAAAAGCTTCACAGTGAAGCAGAAATATAGATACAATTAAGGTGTCTCTATCTGTATTCTCTCAATCAACTGCTCCATTTTTGCTGCCCTCATCACTCTGTTATGAGTTGTACTAACTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014496
ATGAGTTGTACTAACTCCCCCGACACCGCCAAAATTACCATCATGCCCTCCCGCCGCCTCCTCTCTCCTCCGGCGCCGGCCCACCACCCGACCAACCACATCCTGCCGCCCCTCGCCGGCGGATTGACGGCGGCTTTTTCGTGCCTCCTCCTCCTGGTCCTCTGCTTCCGCAGAATCAGCAAGAAACGCACCGCCCCTTCCGCCTCCGACACCGACTCCAAGAAACCCCCTCTGCGCCTCTCCTACTCCCTCCTCCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798468.1
MSCTNSPDTAKITIMPSRRLLSPPAPAHHPTNHILPPLAGGLTAAFSCLLLLVLCFRRISKKRTAPSASDTDSKKPPLRLSYSLLRRATSNFSPSLRLGQGGFGSVYRAEFKPGYHFVKDSGFTLSHGAVKLMDSGSLQGEREFQNELLFSSKIDCKYVVSVVGFSSSPKKRRMLLVYELMESGSLQDCLFHKKSEELKNWDKRFMIALNIAKGLEYLHHYCDPPIIHGDIKPSNILLDASFNARIGDFGLARFKAEDNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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