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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003692`

染色体: Chr03 坐标: 55859600-55866379 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003692`
名称	SmilChr03G003692
描述	threonine--tRNA ligase, mitochondrial 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	55859600 - 55866379 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014559`
GeneID	`131014559`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014559`
原始查询	`LOC131014559`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	threonine--tRNA ligase, mitochondrial 1
产物	threonine--tRNA ligase%2C mitochondrial 1
Arabidopsis	`AT5G26830` (AT5G26830) Threonyl-tRNA synthetase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832741] identity=73.1; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0295300` - identity=74.7; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004829 (threonine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006435 (threonyl-tRNA aminoacylation); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00587 (tRNA-synt_2b); PF02824 (TGS); PF03129 (HGTP_anticodon); PF07973 (tRNA_SAD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014559

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057798551.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.80000	`XP_057798551.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057798551.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057798551.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798551.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:55861132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B129,B50,B78,C33
`Chr3:55862280`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:55862697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,C37
`Chr3:55863188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr3:55864093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr3:55864503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798551.1

721 aa

360

721

TGS

tRNA_SAD

tRNA-synt_2b

HGTP_anticodon

PF02824 TGS 89-147 aa PF07973 tRNA_SAD 255-304 aa PF00587 tRNA-synt_2b 405-614 aa PF03129 HGTP_anticodon 626-714 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798551.1`	Pfam	`PF02824`	TGS	Domain	89	147	1.6e-18	67.2	TGS domain
`XP_057798551.1`	Pfam	`PF07973`	tRNA_SAD	Domain	255	304	1.9e-12	47.7	Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain
`XP_057798551.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	405	614	1.2e-47	163.0	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057798551.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	626	714	1.2e-19	70.9	Anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942568.1
CCAAAAGTGAAGGATAGTATGTAAATCTGTGATGTCAAAGGCTTCACTCTAAAACAGCAGGTTGGAAAAACCTCAGCAAAGTGACACTCGAAAACCCTCTGCAGTTTATGCAATTCTCTCTCTGGTGGCGCATCTCCTTATCCCTGCGCCGCCCTCTGCCGCCCACCTATCTCCGCCACCGCCTTTTCCATCCGATGGGAGAATCCGCCACCGGCAGCAAGGCTAAGCCTAACTCTAGCTCTGCTCAACCAGTCTTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014559
ATGCAATTCTCTCTCTGGTGGCGCATCTCCTTATCCCTGCGCCGCCCTCTGCCGCCCACCTATCTCCGCCACCGCCTTTTCCATCCGATGGGAGAATCCGCCACCGGCAGCAAGGCTAAGCCTAACTCTAGCTCTGCTCAACCAGTCTTCACCAAAGACGATGTGTATCTTCAATCCGTCATCCCCAAACGCATTGCGCTCTTCGAATCACTCCAAAATGAGCAAAAACTCAAGCGAATGGCGCTTGCCGACGAAAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798551.1
MQFSLWWRISLSLRRPLPPTYLRHRLFHPMGESATGSKAKPNSSSAQPVFTKDDVYLQSVIPKRIALFESLQNEQKLKRMALADEKILITLPDGKVKEGRKWNTSPFDVAKEISKSLASNALIAKVNGILWDMNRPLEEDCKLALFTFDTDEGRDTFWHSSAHILGESLEQTYGCKLCIGPCTTRGEGFYYDAFYGDLGLNEEHFKHIEAAAKKAVDEKQPFERIEVTRQQAIDMFSDNPFKVEIIKDLPEDKTITVYRC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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