Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004066`

染色体: Chr03 坐标: 59612079-59620008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004066`
名称	SmilChr03G004066
描述	arabinosyltransferase XEG113
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59612079 - 59620008 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014892`
GeneID	`131014892`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014892`
原始查询	`LOC131014892`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	arabinosyltransferase XEG113
产物	arabinosyltransferase XEG113
Arabidopsis	`AT2G35610` (XEG113) xyloglucanase 113 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818128] identity=72.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0586300` (OSJNBa0010D22.21) - identity=64.8; qcov=0.428; evalue=3.19e-125; confidence=low
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0052325 (cell wall pectin biosynthetic process); GO:0052636 (arabinosyltransferase activity)
KEGG	smil00514 (Other types of O-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03407 (Nucleotid_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057799019.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057799019.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799019.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799019.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799019.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59612538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B76,B94,C18
`Chr3:59614625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B87,C21,C70
`Chr3:59615348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr3:59616402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B9,C82
`Chr3:59616504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B63
`Chr3:59617765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr3:59618091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B13,B61,B81,D8
`Chr3:59618129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:59618177`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B137
`Chr3:59618259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799019.1

638 aa

319

638

Nucleotid_trans

PF03407 Nucleotid_trans 153-377 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799019.1`	Pfam	`PF03407`	Nucleotid_trans	Family	153	377	1.2e-50	173.2	Nucleotide-diphospho-sugar transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943036.1
AAATGTTAATAGCAAAATTTAATTAGAAAGGAAAATTAATAATGCAATCAGGCAATTACAGCTAAAACCCCTCTCTCTCTCTCCTGCCTAAAGGTTGAAACTTCAACTGACATTTTGATTTTGATTTGGCTAATTTGATTCCAGTTGAGACCGCAGACCACCATGATCGGAAGGAAAAGTGACTTTAAATGAGATTCCACTGATGTCTGGACTTCCAATTTGTGCAATTTCTTCGTAATTTTTTGTGGAAATACAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014892
ATGGCTTGGAGTAATCCATTGAAGGAGGTGGCGACTTCCAGGCCATTGTTCTTGACGATCTACGCGACCGTGATTATCGGAATCTTAGTTTCCTCATTTTATGTCTTCTCCGCAGTTTTCTCCGGTTCCAACTCCATCTCTTCCTCCTTCCTGGTTGCGTCCGGCGACAACGCCACTGAATCACATTCAATATCCTTCCATCCGGCATCTGATTCTTCCAATCACGTAGTGGCTGGGGTGGCACCAGATAATACCTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799019.1
MAWSNPLKEVATSRPLFLTIYATVIIGILVSSFYVFSAVFSGSNSISSSFLVASGDNATESHSISFHPASDSSNHVVAGVAPDNTSEHRKEPLQPIWKAPPPGTKMPPLEIFKLTKDLVRKRVKDNVIIVTFGNFAFMDFILSWVKHLSDMGVDNLLVGAMDIKLLEALYWKGVPVFDMGSHMSTLDVGWGTPTFHKMGREKVILIDSFLPFGFELLMCDTDMVWLKNPLPYLARFPEADVLTSTDQVSPTVVDDRLDDW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器