Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004198`

染色体: Chr03 坐标: 60624198-60627104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004198`
名称	SmilChr03G004198
描述	probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g31250
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60624198 - 60627104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015074`
GeneID	`131015074`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015074`
原始查询	`LOC131015074`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g31250
产物	probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g31250
Arabidopsis	`AT4G31250` (AT4G31250) Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829252] identity=45.6; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0663000` (OsSTA176) - identity=43.9; qcov=0.957; evalue=3.79e-138; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799273.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799273.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799273.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799273.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799273.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60624373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr3:60624441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:60624490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B133,C72
`Chr3:60624507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B39,D7
`Chr3:60624693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,D6
`Chr3:60624857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:60624998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,B85
`Chr3:60625816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C8
`Chr3:60625896`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B131
`Chr3:60625896`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B131
`Chr3:60625901`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B131
`Chr3:60625901`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799273.1

585 aa

292

585

LRR_8

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF13855 LRR_8 124-184 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 323-523 aa PF00069 Pkinase 323-577 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799273.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	124	184	1.8e-07	31.6	Leucine rich repeat
`XP_057799273.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	323	523	2.8e-28	99.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057799273.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	323	577	2.6e-26	93.3	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943290.1
AATTTAAATTCGTATTGACAGACTGTTAGCAAATCACCAAAATCTTCTTCTTCCACAACATGCTCTCCATCTCCATTCCCACACCTTCAAACTCTCAACCGTCTCCTTCAAATTTTCAATCGATCGAATCGATCGATCGATCATGGCATCCTCTCACCGCCGCCGCTACTGTTTCCTCCTAGCGCTGTTTCTGCTCACTGCAGCGTGCACCCCCGCCGCATCCTCCTCCGACGCCACCTACGCCAAATCCCTAATCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015074
ATGGCATCCTCTCACCGCCGCCGCTACTGTTTCCTCCTAGCGCTGTTTCTGCTCACTGCAGCGTGCACCCCCGCCGCATCCTCCTCCGACGCCACCTACGCCAAATCCCTAATCAAATTCAAGCAGTCGCTCACCAACGCCGCCGCGCTCGACGGCTGGCGCGAGCCGGCCGTCAGCCGCCTCTGCTGGCGCAACATCCCGGTCTGGACCGGCTGCATCTGCTCCAACGGCTCCTTCGTCGGGCTGCGGCTCCAAGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799273.1
MASSHRRRYCFLLALFLLTAACTPAASSSDATYAKSLIKFKQSLTNAAALDGWREPAVSRLCWRNIPVWTGCICSNGSFVGLRLQGMGLGGAIDADALADLPLFSFSVAHNNFSGPFPNVEKLRKLRSLYLTNNGFRGEIRGDAFAGMKAVRKVVLAGNYFTGNIPASLVELPRLVNLQVQDNLFGGRLPDFRQPNLTANFSNNRLRGPIPVALSNQNASSFYGNVELCGSPLAPCKPKKRSVSKMAFIAAALAGAAFSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器