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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004257

染色体: Chr03 坐标: 61050749-61052736 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004257
名称SmilChr03G004257
描述cytochrome P450 71D13-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61050749 - 61052736 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015134
GeneID131015134
locus_tag-
NCBI NameLOC131015134
原始查询LOC131015134

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71D13-like
产物cytochrome P450 71D13-like
ArabidopsisAT3G26330 (CYP71B37)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237]
identity=41.3; qcov=0.931; evalue=3.04e-125; confidence=medium
RiceOs09g0275400
-
identity=44.4; qcov=0.922; evalue=4.71e-141; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057799374.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057799374.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799374.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799374.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799374.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61051100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:61051265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C14,C68
Chr3:61051322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:61051329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A20,C17
Chr3:61051353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:61051476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B131
Chr3:61051572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B138,B140,B19
Chr3:61051740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A20,C17
Chr3:61051826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,B81,D8
Chr3:61051874 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A4
Chr3:61051874 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A4
Chr3:61051876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B79,C63,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799374.1
523 aa
N
1
262
523
p450
C
PF00067 p450 43-497 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799374.1 Pfam PF00067 p450 Domain 43 497 4.4e-96 323.2 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943391.1
TCTCATCCAAAAAATACTATATAAACTCATCCACTTCCCATGCAAATTCATCAACTCACAACACACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTCTCTTTTTAGAGAAATTAATATGATGGATTCGATTTTGGGTTTATCATTGCTATCATGGAACTTCATGGTTCTAGCTGTGATCCTTCCCATAGTGATCTTCTTCATCAGAAGCAAGACAAGATCCAAACCCGTTTCCAGCAACTGGCCGCCCGGCCCGAAGACCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015134
ATGATGGATTCGATTTTGGGTTTATCATTGCTATCATGGAACTTCATGGTTCTAGCTGTGATCCTTCCCATAGTGATCTTCTTCATCAGAAGCAAGACAAGATCCAAACCCGTTTCCAGCAACTGGCCGCCCGGCCCGAAGACCCTACCCGTGATCGGAAACATGCACCTCCTGAGCGCCCTGGCGTTCCGGTCCATCAGCGAGCTGGCGAAACAGTACGGCCCGCTGATGCGGCTGAAGCTGGGCGAAGTGGACACGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799374.1
MMDSILGLSLLSWNFMVLAVILPIVIFFIRSKTRSKPVSSNWPPGPKTLPVIGNMHLLSALAFRSISELAKQYGPLMRLKLGEVDTIVVSSREVAREMLKQHDPCYADRPESIGIKVLWYNYRDIAFSPYGDYWRQMRKICIMELLSPRSVRSFASIRTDEVSNLIASIRASAAAGNPVNISDSIFSMMSSVTCRAAFGKVSKDKDALIRILRDGIQMAGGFEIADFFPSSLIINTFSWTKIRLLMMRHRLDVILDGLIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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