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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004470

染色体: Chr03 坐标: 62795353-62799350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004470
名称SmilChr03G004470
描述wall-associated receptor kinase-like 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62795353 - 62799350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015321
GeneID131015321
locus_tag-
NCBI NameLOC131015321
原始查询LOC131015321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 1
产物wall-associated receptor kinase-like 1
ArabidopsisAT1G16120 (WAKL1)
wall associated kinase-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838181]
identity=51.2; qcov=0.904; evalue=9.63e-96; confidence=high
RiceOs04g0307900
-
identity=46.5; qcov=0.854; evalue=3.34e-83; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799658.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057799658.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799658.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799658.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799658.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62795537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B36
Chr3:62795551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C50
Chr3:62795585 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 15 B105,B130,B138,B17,B2,B53,B62,B63,B71,B8,C25,C30,C5,C71,C84
Chr3:62795679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B70,C61
Chr3:62795755 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B122,B24
Chr3:62795755 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B122,B24
Chr3:62795796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B36,C60,C87
Chr3:62795851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:62795910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B57,C24
Chr3:62795967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B44,B7,D6
Chr3:62795970 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A21,A24,B115,B70,B91,C61
Chr3:62795994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799658.1
322 aa
N
1
161
322
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-248 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799658.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 248 2.3e-44 152.5 Protein kinase domain
XP_057799658.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 251 2.7e-45 155.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943675.1
GCATAAAAAGCGCAAAGAAGATCTTTTCAAACATCTTCGCTTGCAACATCAAACAAGTGACGCAACATTTGGAAATACTAAACTTTTCTCTGCAAAAGAGTTGGAGAAAGCCACCAACAACTTCAATGAAAACCGCATTTGTGGACGAGGAGGTGAAGGGGTTGTGTACAAAGGTATGTTATCCGATGGCACAATTGTGGCAATAAAGAAATTAAATAAGGTTAATGAAAATCAAGTTGAGCAATTCATAAACGAGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015321
ATGTTATCCGATGGCACAATTGTGGCAATAAAGAAATTAAATAAGGTTAATGAAAATCAAGTTGAGCAATTCATAAACGAGATTGTGATATTATCACAAATCAATCATAGGAATGTGGTGAGATTGTTTGGATGTTGTCTGGCCACAGAGAGTCCTCAACTTGTTTATGAGTTTTTACCAAATGGAACCTTATTTGATTTCATTCATGAGCCAAAAATCGAATTTCCACCTACATGGAGCATGCGTATGAAAATAGCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799658.1
MLSDGTIVAIKKLNKVNENQVEQFINEIVILSQINHRNVVRLFGCCLATESPQLVYEFLPNGTLFDFIHEPKIEFPPTWSMRMKIATDVAGALAYIHSSSSIPIYHRDIKSDNILLDEKYVVKVVDFGLSKLVQVDQTHLTTMVKGTWGYIAPEYAITGRYTEKSDVYSFGVVLLELLTGKRTICNERDERHLVPHFLVHMEADNLDAILDAHVYVEAAKEEVLAFGRIARRCVNAGQKFRPTMKEVASELERLKISVTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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