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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002651

染色体: Chr03 坐标: 42171587-42173594 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002651
名称SmilChr03G002651
描述phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42171587 - 42173594 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015841
GeneID131015841
locus_tag-
NCBI NameLOC131015841
原始查询LOC131015841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like
产物phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like
ArabidopsisAT2G39445 (AT2G39445)
Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase, GPI19/PIG-P subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240988]
identity=48; qcov=0.794; evalue=1.53e-35; confidence=medium
RiceOs03g0640300
-
identity=52.7; qcov=0.355; evalue=1.4e-14; confidence=low
GO-
KEGGsmil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08510 (PIG-P)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057800262.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057800262.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057800262.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800262.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800262.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42171676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:42171719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,D11
Chr3:42171967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B78,B86
Chr3:42171989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,C44,D6
Chr3:42172469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr3:42173306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C23,D11
Chr3:42173368 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 A7,B127,B80
Chr3:42173368 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 3 A7,B127,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800262.1
155 aa
N
1
78
155
PIG-P
C
PF08510 PIG-P 36-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800262.1 Pfam PF08510 PIG-P Family 36 149 4e-28 98.4 PIG-P

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944279.1
AGCTTTCTTAATCTATGTCCCGGTTGCCTTCTCTCCATTTCATTTCTGCAAACCAATTGTGTGACGAAATGCTTAAACTCGAATAATCCCATTGAATCGCATTCTATGGATTCAGCGACTACTCCTCTACCAAAATCAGACTCGTTCAATGCCGATTCCCCATCTCCGACGGGATTAGGCGTTTCCGGCGAGCCTGGGCCCATGCTTTCTCAACTATATGGTTTTCTTGCCTCCATCACCGCCGTGGTTGCCGCAGGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015841
ATGGATTCAGCGACTACTCCTCTACCAAAATCAGACTCGTTCAATGCCGATTCCCCATCTCCGACGGGATTAGGCGTTTCCGGCGAGCCTGGGCCCATGCTTTCTCAACTATATGGTTTTCTTGCCTCCATCACCGCCGTGGTTGCCGCAGGCATTTATGTGATATGGGCATATGTTCCTGACTATTGGCTGCGGTATATAGGAATCGATTACTACCCTAGCAGGTATTGGGAATTAGGCGTGCCAACTTATGTAACGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800262.1
MDSATTPLPKSDSFNADSPSPTGLGVSGEPGPMLSQLYGFLASITAVVAAGIYVIWAYVPDYWLRYIGIDYYPSRYWELGVPTYVTVMIVVAIVLYTGLNFLATPPPTSMKLIFEEYSEDILTGIPITDDGEPVLEPLSDMGIDHVDQLLNNLNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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