Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000006`

染色体: Chr01 坐标: 150872-154321 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000006`
名称	SmilChr01G000006
描述	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	150872 - 154321 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016606`
GeneID	`131016606`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016606`
原始查询	`LOC131016606`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
产物	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
Arabidopsis	`AT3G11910` (UBP13) ubiquitin-specific protease 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820364] identity=84.2; qcov=0.77; evalue=6.25e-30; confidence=medium
Rice	`Os12g0489100` (OsM13) - identity=82; qcov=0.824; evalue=4.48e-30; confidence=medium
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0031647 (regulation of protein stability)
KEGG	-
Pfam	PF00443 (UCH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801297.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801297.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801297.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801297.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801297.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:151508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801297.1

74 aa

UCH

PF00443 UCH 10-55 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801297.1`	Pfam	`PF00443`	UCH	Family	10	55	5.8e-12	46.5	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945314.1
ATATCACAATATCTTGAATGCTACATCTTTTCATTGGTTCAACTTATATTGTTCGCAGTGTTTTGGTCCATAGTGGTGGTGTGCACGGTGGTCACTATTATGCCTTTATACGGCCTACTCTTTCCAGCCAGTGGTATAAGTTTGATGATGAACGAGTGACAAAAGAAGATATGAAAAAGGCATTAGATGAGCTGTATGGTGGTGAAGAAGAAGTTGAGCTTGTGTGTCGGGTTCTCTCCTGAGTTAGTTGTTGAAGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016606
ATGCTACATCTTTTCATTGGTTCAACTTATATTGTTCGCAGTGTTTTGGTCCATAGTGGTGGTGTGCACGGTGGTCACTATTATGCCTTTATACGGCCTACTCTTTCCAGCCAGTGGTATAAGTTTGATGATGAACGAGTGACAAAAGAAGATATGAAAAAGGCATTAGATGAGCTGTATGGTGGTGAAGAAGAAGTTGAGCTTGTGTGTCGGGTTCTCTCCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801297.1
MLHLFIGSTYIVRSVLVHSGGVHGGHYYAFIRPTLSSQWYKFDDERVTKEDMKKALDELYGGEEEVELVCRVLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器