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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001290

染色体: Chr03 坐标: 15120070-15122155 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001290
名称SmilChr03G001290
描述probable phosphoribosylformylglycinamidine synthase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向15120070 - 15122155 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017796
GeneID131017796
locus_tag-
NCBI NameLOC131017796
原始查询LOC131017796

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable phosphoribosylformylglycinamidine synthase, chloroplastic/mitochondrial
产物probable phosphoribosylformylglycinamidine synthase%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT1G74260 (PUR4)
purine biosynthesis 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843766]
identity=66.7; qcov=1.02; evalue=1.53e-147; confidence=high
RiceOs01g0888500
-
identity=68.8; qcov=1.02; evalue=9.23e-157; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02769 (AIRS_C); PF13507 (GATase_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802504.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057802504.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802504.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802504.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802504.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:15120646 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B111,B12,B68,B85,D2
Chr3:15120646 CA C 1bp_deletion CDS_variant 5 B111,B12,B68,B85,D2
Chr3:15120740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr3:15120755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C44,C56
Chr3:15120765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B12,B85,D2
Chr3:15120893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:15120900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C4,C64,C66
Chr3:15120938 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B139,B33,B87
Chr3:15120938 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 B139,B33,B87
Chr3:15120983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B5,B57
Chr3:15121032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr3:15121327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B29,B76,B79,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802504.1
320 aa
N
1
160
320
AIRS_C
GATase_5
C
PF02769 AIRS_C 1-69 aa PF13507 GATase_5 139-315 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802504.1 Pfam PF02769 AIRS_C Domain 1 69 2e-05 25.6 AIR synthase related protein, C-terminal domain
XP_057802504.1 Pfam PF13507 GATase_5 Domain 139 315 1.9e-57 195.0 CobB/CobQ-like glutamine amidotransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946521.1
AGAATATCGTTCATGTGTTTAGATTCAAGTGTGATATACTATGAGAGCAAACTATTGTTAAACACTATTTTGATTTTTCATGTAAACTAGAATATTGCATACATGGATTGCCAAGAGTTAAAAAGATTTTAACTGAATTAATAAATTTTCATTGTAATCTTTGAATAGATTTGAGTTAAAAATTCTCGCTGTTATTCATGCTATTGACATTGCTCAACATCGGGGTTGGCGGCTCGAAGCTGATTCGACTTATATCGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017796
ATGGCATTTGCTGGAAACTGCGGCATTAGCTTGAATCTGACTATTCCAGAGGCTTTTAGTGTTTCTCAAGCACTCTTTGCCGAGGAGCTTGGCCTTATCATTGAAGTCAATAAAATGAATGCAGCTGTTGTAAGAGATAAACTTTTGAGTGCTGGAGTGTCTGCTGAAGTTATTGGTGAAGTTACTGTTTCGCCCATAGTTGAAGTGGATATTGGTGGTACAAATCACTTGACTGAAAAAACGTGCCAGCTCAGGGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802504.1
MAFAGNCGISLNLTIPEAFSVSQALFAEELGLIIEVNKMNAAVVRDKLLSAGVSAEVIGEVTVSPIVEVDIGGTNHLTEKTCQLRDLWEETSFELEKFQRLASCVELEKEGFKSRREPSWFLSFTPSYTDEKYMNATSKPKVAIIREQGSNGDREMAAGFEPWDIAMSDLLNGGISLHDFRGIAFVGGFSYADVLDSAKGWAASIRFNKPLLAQFQEFYDQPDTFSLGVCNGCQLMALLGWVPGPKVGGVLGNNGDPSQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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