Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001314

染色体: Chr03 坐标: 15408479-15412295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001314
名称SmilChr03G001314
描述abscisic acid receptor PYL8-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向15408479 - 15412295 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017817
GeneID131017817
locus_tag-
NCBI NameLOC131017817
原始查询LOC131017817

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid receptor PYL8-like
产物abscisic acid receptor PYL8-like
ArabidopsisAT5G53160 (RCAR3)
regulatory components of ABA receptor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835397]
identity=80.4; qcov=0.908; evalue=2.06e-103; confidence=high
RiceOs05g0213500 (OsPYL/RCAR5)
-
identity=78.6; qcov=0.908; evalue=1.63e-94; confidence=high
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017817

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802535.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057802535.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057802534.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802535.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802535.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:15410824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:15411069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:15411255 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 95 A10,A16,A18,A19,A25,B103,B106,B11,B110,B111,B114,B115,B12,B121,B127,B128,B129,B136,B15,B17,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B3,B34,B36,B37,B38,B4,B40,B44,B45,B46,B49,B50,B53,B54,B55,B56,B60,B61,B62,B65,B66,B68,B71,B75,B78,B80,B81,B86,B88,B9,B90,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C11,C19,C29,C3,C36,C39,C4,C42,C44,C45,C47,C49,C50,C55,C59,C6,C61,C65,C66,C67,C69,C7,C76,C79,C82,C9,D10,D2,D3,D5,D8
Chr3:15411278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:15411334 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 128 A1,A10,A11,A13,A14,A22,A23,A24,A6,A8,A9,B1,B102,B108,B110,B112,B113,B114,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B17,B2,B22,B23,B25,B27,B29,B30,B33,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B46,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B6,B64,B66,B67,B69,B70,B71,B72,B73,B77,B8,B84,B85,B87,B88,B89,B91,B97,C1,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C21,C22,C23,C25,C26,C29,C31,C33,C34,C37,C38,C41,C45,C46,C48,C5,C50,C52,C54,C56,C58,C63,C64,C66,C67,C70,C71,C72,C73,C77,C78,C79,C80,C81,C84,C87,D1,D10,D11,D3,D6,D7,D9
Chr3:15411437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:15411890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802534.1
207 aa
N
1
104
207
Polyketide_cyc2
C
PF10604 Polyketide_cyc2 29-110 aa
XP_057802535.1
185 aa
N
1
92
185
Polyketide_cyc2
C
PF10604 Polyketide_cyc2 29-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802534.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 29 110 2.3e-09 38.3 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
XP_057802535.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 29 172 1e-19 71.9 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946552.1
CTTTACTTTATTAAGGTGCCAATGGCGGTGTGTTTTGGACTGTTGTGAAAGCTCTGACTTTGGTTCTCATTCAGTCATTCACTCCCCCTCTCCCCACCCACTACCAATCCCCTCCTCAATATCCACTTCCTCCTCCCTCACAAATCTCCACCGTTGATTCCCACAATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCT...
XM_057946551.1
CAAGTTGCAGGTGCCAATGGCGGTGTGTTTTGGACTGTTGTGAAAGCTCTGACTTTGGTTCTCATTCAGTCATTCACTCCCCCTCTCCCCACCCACTACCAATCCCCTCCTCAATATCCACTTCCTCCTCCCTCACAAATCTCCACCGTTGATTCCCACAATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131017817
ATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCAAACACATCAAAGCTCCTCTCCCCCTCGTGTGGTCGCTGGTGCGGCGCTTCGATCAGCCGCAGCGGTACAAGCCATTCGTGAGCCGGTGTATAGCGCAGGGCGATTTGCGGATTGGGACGGTGAGAGAGGTTAATGTCAAATCGGGGCTGCCCGCCACCAC...
LOC131017817
ATGGTCGGCCCGATCAACGGCGGCGGACCCGAGGAGGATTTCATCCGGAGGCACCACAAGCACGACGTCGCCGAGAACCAGTGCTCCTCCTCCCTCGTCAAACACATCAAAGCTCCTCTCCCCCTCGTGTGGTCGCTGGTGCGGCGCTTCGATCAGCCGCAGCGGTACAAGCCATTCGTGAGCCGGTGTATAGCGCAGGGCGATTTGCGGATTGGGACGGTGAGAGAGGTTAATGTCAAATCGGGGCTGCCCGCCACCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057802534.1
MVGPINGGGPEEDFIRRHHKHDVAENQCSSSLVKHIKAPLPLVWSLVRRFDQPQRYKPFVSRCIAQGDLRIGTVREVNVKSGLPATTSKERLELLDDEEHIFSVRIVGGDHRLKVPPPSLSFSFAFPIHWTESATFLCLAFVIEKLKSTLFIRVIFSLSALLDSISSFLLIDSQFPVADLGQISLIIITICGNHGVYPFLRIQKHIV
XP_057802535.1
MVGPINGGGPEEDFIRRHHKHDVAENQCSSSLVKHIKAPLPLVWSLVRRFDQPQRYKPFVSRCIAQGDLRIGTVREVNVKSGLPATTSKERLELLDDEEHIFSVRIVGGDHRLKNYSSIITVHPETIDGRAGTMVIESFVVDVPEGNTKDETCYFVEALIKCNLKSLADVSEHLAVQERQSMESE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器