Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001446`

染色体: Chr01 坐标: 28159194-28169998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001446`
名称	SmilChr01G001446
描述	dynamin-related protein 3A-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28159194 - 28169998 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018158`
GeneID	`131018158`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018158`
原始查询	`LOC131018158`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dynamin-related protein 3A-like
产物	dynamin-related protein 3A-like
Arabidopsis	`AT4G33650` (DRP3A) dynamin-related protein 3A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829506] identity=78; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0920400` (OsDRP3A) - identity=70.7; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057802859.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057802859.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057802859.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057802859.1`
5	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057802859.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28159839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C60
`Chr1:28161102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr1:28161472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B72,C2,C83
`Chr1:28164404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,D5
`Chr1:28166627`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C69,D9
`Chr1:28167603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr1:28168404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:28169370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C25
`Chr1:28169413`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A21,B55,B91
`Chr1:28169413`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A21,B55,B91
`Chr1:28169417`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B55,B91
`Chr1:28169417`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B55,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802859.1

830 aa

415

830

Dynamin_N

Dynamin_M

GED

PF00350 Dynamin_N 51-231 aa PF01031 Dynamin_M 239-525 aa PF02212 GED 655-744 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802859.1`	Pfam	`PF00350`	Dynamin_N	Domain	51	231	6.9e-56	189.6	Dynamin family
`XP_057802859.1`	Pfam	`PF01031`	Dynamin_M	Family	239	525	1.1e-105	353.7	Dynamin central region
`XP_057802859.1`	Pfam	`PF02212`	GED	Family	655	744	8.4e-27	93.9	Dynamin GTPase effector domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946876.1
GGAAAGTAGAAGACTTGATTAGTTGATTTGATTACAAATATAAAAACCTAAACATGCCACCTCTGTTTCGCTCTCTATCGTGAGCGGTAGGGAACGTTCGCACATACACACGATTCCTGCTCTTCTTCTCTCTCTAAAACAAAAATTCAAACGCCTTCTCTCTCATCCACCTCCAGTCACACACACACGAACGCCTATCTAGGGTTTTCAGCTAAGCACTCGCGCGATCTCACACGCCAGATCTTAGTCCAAAAATTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018158
ATGGCGGAAGAACAATCGTCGGTGGCGGCGGCGAGCAACGCTACTGGTGCGGCGGCGGCGGCACTAGGACACTCAGTCATACCAATAGTGAATAAGCTACAAGACATCTTCTCGCAGCTTGGAAGCCAGTCGACAATCGAGCTGCCGCAGGTAGCGGTGGTGGGAAGCCAGAGCAGCGGCAAATCCAGCGTGTTGGAGGCGCTGGTTGGACGCGATTTCCTACCGCGTGGAAATGATATCTGCACGCGCCGCCCTCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802859.1
MAEEQSSVAAASNATGAAAAALGHSVIPIVNKLQDIFSQLGSQSTIELPQVAVVGSQSSGKSSVLEALVGRDFLPRGNDICTRRPLVLQLVQRKSKGDGTDDEWGEFLHLPGKKFFDFNDIRKEIQAETDREAGANKGVSDKQIRLKIFSPNVLDIALVDLPGLTKVPVGDQPSDIEARIRTMIMSYIKRPSCLILAVTPANSDLANSDALQMAGMADPDGYRTIGVITKLDIMDRGTDARNFLLGKVIPLRLGYVGVVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器