Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001307`

染色体: Chr03 坐标: 15330344-15333057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001307`
名称	SmilChr03G001307
描述	uncharacterized SmilChr03G001307
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15330344 - 15333057 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018434`
GeneID	`131018434`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018434`
原始查询	`LOC131018434`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=21.9; qcov=0.941; evalue=1.25e-34; confidence=weak
Rice	`Os01g0595300` - identity=23.5; qcov=0.951; evalue=6.97e-40; confidence=weak
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018434

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803139.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803139.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803139.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803139.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057803139.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15330344`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B122,B40
`Chr3:15330353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr3:15330358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B16,B41
`Chr3:15330363`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C34,D3
`Chr3:15330364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B27,C34,C43
`Chr3:15330366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C61
`Chr3:15330370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B132,B59,C58,C70
`Chr3:15330372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C25,C40,C48
`Chr3:15330374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B2,C28,C66
`Chr3:15330377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr3:15330389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:15330392`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803139.1

596 aa

298

596

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 231-305 aa PF00872 Transposase_mut 231-382 aa PF04434 SWIM 456-485 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803139.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	231	305	1.3e-12	48.6	MULE transposase domain
`XP_057803139.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	231	382	4.4e-09	36.4	Transposase, Mutator family
`XP_057803139.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	456	485	6.7e-08	32.6	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947156.1
ATGAATGAATATGGGAGATACTTTTTGATTAATTATGGAGGTGGCTTCAATGGTTATGAGTACATCGACGACTCTTCAAAGACTGATGATCAATATACGTACGAGCCTCAGTTTGTGGAGAATGCTGGTAATGTAGATGAAGATTATGTTCCATCGTCTGAAGCCGAGACTGATACAAGCACCTCTGAAGACTTGTCGGAGCCAGAGAACGTGAGAAGGGCGGGGATTGAATATGCAGGTTGGCAGAATTTGCAGATCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018434
ATGAATGAATATGGGAGATACTTTTTGATTAATTATGGAGGTGGCTTCAATGGTTATGAGTACATCGACGACTCTTCAAAGACTGATGATCAATATACGTACGAGCCTCAGTTTGTGGAGAATGCTGGTAATGTAGATGAAGATTATGTTCCATCGTCTGAAGCCGAGACTGATACAAGCACCTCTGAAGACTTGTCGGAGCCAGAGAACGTGAGAAGGGCGGGGATTGAATATGCAGGTTGGCAGAATTTGCAGATCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803139.1
MNEYGRYFLINYGGGFNGYEYIDDSSKTDDQYTYEPQFVENAGNVDEDYVPSSEAETDTSTSEDLSEPENVRRAGIEYAGWQNLQIDDDDDEQGNEFSVTKSDSRRIYFKCKHSDTCPFKLHASSQDGAIWGVYKFTNEHSCDGELGRVARIKAPAKVIAAYLAQKIHDDCEILKPKAIQLELRHEFGVQIKYDVALRARNRATEMVYGRHDQSFEMLPKYLYMLRQSNPVTKDGNESLFPLAYGVGLKENDESWTYFMS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器