Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001627`

染色体: Chr01 坐标: 30335237-30340440 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001627`
名称	SmilChr01G001627
描述	probable aspartyl aminopeptidase
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	30335237 - 30340440 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019042`
GeneID	`131019042`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019042`
原始查询	`LOC131019042`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable aspartyl aminopeptidase
产物	probable aspartyl aminopeptidase
Arabidopsis	`AT5G04710` (AT5G04710) Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830349] identity=80.5; qcov=0.916; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0967900` - identity=73.3; qcov=0.906; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004177 (aminopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF02127 (Peptidase_M18)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019042

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057803712.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057803712.1`
3	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057803712.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803712.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803712.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:30335420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:30335459`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	87	A1,A13,A15,A16,A18,A23,A24,A9,B110,B112,B117,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B13,B134,B135,B138,B139,B140,B15,B23,B24,B29,B3,B30,B33,B4,B48,B50,B53,B57,B59,B6,B62,B68,B69,B70,B71,B74,B75,B77,B78,B79,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B99,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C21,C25,C26,C28,C30,C37,C4,C40,C43,C47,C49,C52,C53,C56,C6,C65,C74,C78,C80,C82,C85,C87,D11,D2,D6,D9
`Chr1:30335615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B112,B126,B88,C6
`Chr1:30335664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr1:30336657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:30337103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:30337120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr1:30337388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B112,B126,B88,C6
`Chr1:30337400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B33,C60
`Chr1:30337538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B33,C60
`Chr1:30337570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B99,C16,C86
`Chr1:30337589`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803712.1

533 aa

266

533

Peptidase_M18

PF02127 Peptidase_M18 82-519 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803712.1`	Pfam	`PF02127`	Peptidase_M18	Family	82	519	8.8e-160	532.9	Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947729.1
ACTGTTGGGGTTATTTTATTTGGTAATTTCCGTTTTATTATCCCTTCAGCTCTGCAACTGCGGCATTTTACACCTTGAGCTAAGAGAAATGGCGGCCATCACTCGATTTCATCTTCTCCAACCATCTACGCTCCTCAAATCGTCTTCAATTCTCTCCAAATTTCCTCATGCTACTCCGTTCTTCACTATCTCCACCAATAACAACGCCGATCTCCGCCACTTCCGCTGCGGTGGCCGTAATTTCTCCAACATTCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019042
ATGGCGGCCATCACTCGATTTCATCTTCTCCAACCATCTACGCTCCTCAAATCGTCTTCAATTCTCTCCAAATTTCCTCATGCTACTCCGTTCTTCACTATCTCCACCAATAACAACGCCGATCTCCGCCACTTCCGCTGCGGTGGCCGTAATTTCTCCAACATTCCGCCGCTTAGGTGTAATTCCGAGAGCAGTAGTTCAAGTACTGAATCGAGCCATTCGATAGTCAGCGATCTTCTGGACTACCTTAATGAATCCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803712.1
MAAITRFHLLQPSTLLKSSSILSKFPHATPFFTISTNNNADLRHFRCGGRNFSNIPPLRCNSESSSSSTESSHSIVSDLLDYLNESWTHFHATAEAKRQLVAAGFHLLNENEDWELKPGGRYFFTRNMSSLVAFAIGEKYSIGNGFHVIAAHTDSPCLKLKPKSATSKSGYLMVNVQTYGGGLWYTWFDRDLSLAGRVIVRAEDGSFSHKLVKIKRPLLRVPTLAIHLDRTVNSDGFKPNIETQLIPLLATEAEKTSDDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器