Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001997`

染色体: Chr04 坐标: 32324841-32329799 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001997`
名称	SmilChr04G001997
描述	peroxisomal membrane protein PEX14
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32324841 - 32329799 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019963`
GeneID	`131019963`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019963`
原始查询	`LOC131019963`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxisomal membrane protein PEX14
产物	peroxisomal membrane protein PEX14
Arabidopsis	`AT5G62810` (PEX14) peroxin 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836402] identity=54.4; qcov=0.902; evalue=4.48e-139; confidence=high
Rice	`Os01g0107000` (P0482C06.3-1) - identity=34.4; qcov=0.857; evalue=1.79e-56; confidence=low
GO	GO:0005102 (signaling receptor binding); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0016560 (protein import into peroxisome matrix, docking); GO:1990429 (peroxisomal importomer complex)
KEGG	smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04695 (Pex14_N); PF17733 (KPWE_dom); PF23020 (PEX14-like_2nd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	1.00000	`XP_057804584.1`
2	Peroxisome membrane	过氧化物酶体膜	0.60000	`XP_057804584.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057804584.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057804584.1`
5	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057804584.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32325363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr4:32325415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr4:32325741`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B104,B91,C59,C84
`Chr4:32326953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C4,C46
`Chr4:32327289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B91,C59,C84
`Chr4:32327566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B12,B35,B53,D7
`Chr4:32328241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C61,C69
`Chr4:32329453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804584.1

530 aa

265

530

Pex14_N

PEX14-like_2nd

KPWE_dom

PF04695 Pex14_N 53-97 aa PF23020 PEX14-like_2nd 152-272 aa PF17733 KPWE_dom 324-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804584.1`	Pfam	`PF04695`	Pex14_N	Domain	53	97	5.7e-13	49.0	Pex14 N-terminal domain
`XP_057804584.1`	Pfam	`PF23020`	PEX14-like_2nd	Domain	152	272	1.6e-53	180.8	Peroxisomal membrane protein PEX14-like, central
`XP_057804584.1`	Pfam	`PF17733`	KPWE_dom	Domain	324	372	2.2e-15	57.1	PEX14-like KPWE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948601.1
AAATAAATCGAGGTAAAAAATGGGTAAGGAAAGACTAAGAAGAAGAAAAAACCTATGCGGATACTTTTACTGGGTTCATTCGAAATAGAAATCAGAGAGTGACGAATACTAGCCAAAATAGCTGAGGCTATCACTTACTACACAGGAGCTGCGTTGGGATGAGCAATATCCAAAACCAACGAGGCTTTTCCGATAATCCCCCTTTTCCTCCTCTTCATTCTAATCCAAATTCACGAGTCTCCTTCGTTTCTGATTGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019963
ATGGCGACTCCGTCTGACGCTCCGCCAAGTTCCACGGGCGAAAAGCCCCCGAACTCAGTCTCTGTAGAACCATCTAATGATGGTCACCCAGATACCAAGGTAGAGGCTGTGAAGGAGAGTTCTCCCACTTCAGTATTTGTGAACTCAGAACCAATTCGGGAAGAGCAAGTACAAAATGCAATGAAGTTTCTCTCACATCCAAAAGTTAGGGGGTCCCCTGTCATGTATAGAAGGTCATTTCTTGAGAGGAAGGGTCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804584.1
MATPSDAPPSSTGEKPPNSVSVEPSNDGHPDTKVEAVKESSPTSVFVNSEPIREEQVQNAMKFLSHPKVRGSPVMYRRSFLERKGLTKEEIDEAFRRVPDTMTTVSTTQPVVSSQDGQMKPSSNVQQQPPTQGLHPAAVVPVGSTSKIGMLSQFHWYHAILAVGFLAASGAGTAVIFKKSVVPRLKSWIRKVASEEDEEGLIKINDAKPSVADEAAAAAKAAAAAAADVARASQEMLTTKIEEKRCFEELISMLNAQVHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器