Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001613`

染色体: Chr04 坐标: 26809358-26816398 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001613`
名称	SmilChr04G001613
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 18
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	26809358 - 26816398 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020043`
GeneID	`131020043`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020043`
原始查询	`LOC131020043`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 18
产物	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 18
Arabidopsis	`AT5G05450` (AT5G05450) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830428] identity=67.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0164500` (BIP115) - identity=65; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005730 (nucleolus)
KEGG	-
Pfam	PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF13959 (CTE_SPB4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020043

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804658.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057804658.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804658.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804658.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804658.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:26809975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr4:26810084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B91
`Chr4:26810112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B82,B99,C48,D7
`Chr4:26810150`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C59,C84
`Chr4:26810552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:26814207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr4:26814208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B136,B83,C59
`Chr4:26816073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:26816183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804658.1

590 aa

295

590

DEAD

Helicase_C

CTE_SPB4

PF00270 DEAD 42-214 aa PF00271 Helicase_C 265-377 aa PF13959 CTE_SPB4 427-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804658.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	42	214	9.5e-42	143.3	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057804658.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	265	377	2.6e-27	96.0	Helicase conserved C-terminal domain
`XP_057804658.1`	Pfam	`PF13959`	CTE_SPB4	Domain	427	476	1e-18	67.8	ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal extension

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948675.1
AAATGAACATTTTTCATTTTTCACTTAAGAGGTGGGCACCTTTAATTTTGCCTCATGTATTAGGGACAATTACCCCAAAATTTTATTAGACTTCATAAAAAGGATTTGAGGTTTAGGAATAGCAATTTAAATCAGAAACAGGTGTTGGCTATGGCCGCCGTCGATGACAATAACCCAAACAAAGCCCTCACCACCACCAGGTTCTCCGACCTCGACCCGCCGCTCTCCCAACCAGTGCTGGAAGCTCTCTCCGCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020043
ATGGCCGCCGTCGATGACAATAACCCAAACAAAGCCCTCACCACCACCAGGTTCTCCGACCTCGACCCGCCGCTCTCCCAACCAGTGCTGGAAGCTCTCTCCGCCGCCGCTTTCGAATTCTGCACACCGGTTCAGGCCGCAACCATACCCTTGCTATGCACCTACAAAGACGTTGCAGTCGACGCCGCCACAGGCTCTGGGAAAACCCTAGCCTTCGTCCTCCCCCTCGTCGAAATCCTCCGCCGCGCCGCCCGTCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804658.1
MAAVDDNNPNKALTTTRFSDLDPPLSQPVLEALSAAAFEFCTPVQAATIPLLCTYKDVAVDAATGSGKTLAFVLPLVEILRRAARPKLHQVVGVVISPTRELSSQIFKVAEPFIATLSNVRPVLLVGGAEVKADMTKIEEEGANLLIGTPGRLNDIMEHMDMLDFRNLEILILDEADRLLDMGFQKQISSIISRLPKLRRTGLFSATQTEAVEELSRAGLRNPVRVEVRSEIKRPKDITSSQQIASSRTPSGLQMEYFQC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器