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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003448

染色体: Chr04 坐标: 50984948-50991598 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003448
名称SmilChr04G003448
描述diacylglycerol kinase 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50984948 - 50991598 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020342
GeneID131020342
locus_tag-
NCBI NameLOC131020342
原始查询LOC131020342

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述diacylglycerol kinase 1
产物diacylglycerol kinase 1
ArabidopsisAT5G07920 (DGK1)
diacylglycerol kinase1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830686]
identity=71.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0576900
-
identity=56.3; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004143 (ATP-dependent diacylglycerol kinase activity); GO:0007205 (GO:0007205)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00130 (C1_1); PF00609 (DAGK_acc); PF00781 (DAGK_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020342

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057805076.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057805076.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057805076.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057805076.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057805076.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50985256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:50989322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B78,B79
Chr4:50989533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr4:50990104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805076.1
728 aa
N
1
364
728
C1_1
DAGK_cat
DAGK_acc
C
PF00130 C1_1 150-204 aa PF00781 DAGK_cat 361-461 aa PF00609 DAGK_acc 507-664 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805076.1 Pfam PF00130 C1_1 Domain 150 204 8.5e-08 32.6 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)
XP_057805076.1 Pfam PF00781 DAGK_cat Family 361 461 1.2e-27 96.7 Diacylglycerol kinase catalytic domain
XP_057805076.1 Pfam PF00609 DAGK_acc Family 507 664 5.8e-57 193.2 Diacylglycerol kinase accessory domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949093.1
CCAAAGTTCCCCTCTCTCTCCAGACGATGTTCAGTGGGAATCTCGATTCCACAGAATCTCTAAATAAGAAAGATTTTGAATCAAAAATAATACGCAAAAACATATTGATAGATTTCCCGAAACGCATGTAATTTTGCCAGAAACAACCATTTTCGCACGTTCAATCCGCACAGGATCACGAGCTAAGGAACAACAAATATCGCATTTATTCCTTCCCCTGTCCCGTGATTGATTCCATTGCTTGCGGGATAAACATTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020342
ATGGATGACTTGGATTTTGATGCTCTTCTTCCCAGCTGGATAAATCCAGCTGAAATGACAGAATCTCATCTGTTTATTATATCTTGCTTCACTGCTGGTTTGGTGGGCATATTAACCATTTTTTATACAGCTTTCCAGTGGAGAAGAAATATCAACTTAACTTGGATGAGAGCCATAGCCAGGTCAAAGAAAAACCCCAAAACAAGGCACAAGGTTTGCATGGCTCCTCATACTTGGGTTTTGGAATCTGTAACTCGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805076.1
MDDLDFDALLPSWINPAEMTESHLFIISCFTAGLVGILTIFYTAFQWRRNINLTWMRAIARSKKNPKTRHKVCMAPHTWVLESVTRGKSLNCCVCLTSVSPSQTLSQMVASDSFIHRCSICGAASHLGCSSNAHKDCKCVSMFGYEQMMHQWAVRWTEVTDQPDESSFCCYCEEPCSGTFLGGSPIWCCLWCQRLVHVDCHGSLFNDTGDVCDLGPYRRLMLSPLYVKQFYRTSSGGFLSSITQGANEIASSVRASIRSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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