Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001757`

染色体: Chr01 坐标: 32285853-32288737 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001757`
名称	SmilChr01G001757
描述	uncharacterized SmilChr01G001757
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32285853 - 32288737 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020608`
GeneID	`131020608`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020608`
原始查询	`LOC131020608`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsPP104; symbol=OsPP104; hit=Os08g0557400; species=rice; confidence=high
产物	OsPP104; symbol=OsPP104; hit=Os08g0557400; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G44620` (AT3G44620) protein-tyrosine phosphatase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823588] identity=65.5; qcov=0.815; evalue=1.32e-91; confidence=high
Rice	`Os08g0557400` (OsPP104) - identity=80.5; qcov=0.689; evalue=8.03e-100; confidence=high
GO	GO:0004725 (protein tyrosine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF01451 (LMWPc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057805514.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057805514.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805514.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805514.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805514.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32286017`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A3,A9,B121,B129,B18,B33,B38,B39,B44,B53,B61,B65,B67,C13,C23,C61
`Chr1:32286085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr1:32286188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B82
`Chr1:32286269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B75
`Chr1:32286275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C49,C77,D11
`Chr1:32286521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C2,C74
`Chr1:32287147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr1:32287234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:32287279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805514.1

262 aa

131

262

LMWPc

PF01451 LMWPc 76-222 aa

XP_057805520.1

238 aa

119

238

LMWPc

PF01451 LMWPc 76-236 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805514.1`	Pfam	`PF01451`	LMWPc	Domain	76	222	1.2e-38	133.3	Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
`XP_057805520.1`	Pfam	`PF01451`	LMWPc	Domain	76	236	1.2e-41	143.0	Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949537.1
AAATTTTCAAAAATGCATTTCTTTTTAAAGACAATCATTTTATTTTAAGTTTATATAAATAATTCCAATATAAAAAAACTTGTTAGCTCAAATGATTAGAAGAGACAAAGAAATAAAAAAGACCCAATATAAATATACAAGAGCATTTGTATAACGGGGCTCGAACCCATCCTCAACGAGCCCCATCACATTGCTGAGTCAAGGAACTCGATAGAGGGCTCATTCTGGCGAGCTGGGCGAGAGAGTTTATATATAACACT...

XM_057949531.1
AAATTTTCAAAAATGCATTTCTTTTTAAAGACAATCATTTTATTTTAAGTTTATATAAATAATTCCAATATAAAAAAACTTGTTAGCTCAAATGATTAGAAGAGACAAAGAAATAAAAAAGACCCAATATAAATATACAAGAGCATTTGTATAACGGGGCTCGAACCCATCCTCAACGAGCCCCATCACATTGCTGAGTCAAGGAACTCGATAGAGGGCTCATTCTGGCGAGCTGGGCGAGAGAGTTTATATATAACACT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020608
ATGAACACTTTGCACACAACCACACTCTCAAACCTTATCTCCCAAAAATCACCAATTCGCCGTCGCGCTCCTCTCCGCTCCCACAGACTCCAACCATTTCTACCAAATACTAATTCAGCTGAACATCCAAAATTATCAATAAAACCTACGAGAATCGCGGCAGCGTCAATGGCTCCCACGCCGTCAACTGCCTTGGACGATAGCGCGCCGGCGAGCAAACCGTTCTCTGTTCTGTTCGTCTGCCTCGGCAACATCTGCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805514.1
MNTLHTTTLSNLISQKSPIRRRAPLRSHRLQPFLPNTNSAEHPKLSIKPTRIAAASMAPTPSTALDDSAPASKPFSVLFVCLGNICRSPAAEGVFRHLVKERGLDSKFYIDSAGTINYHEGDQADPRMRASSKKRGIEITSISRPIKPSDFRDFDLILAMDNQNREDILGAFERWRHREPLPGNAHEKVRLMCSFCKRHDETEVPDPYYGGPQGFEKVIQHIICIDEIGMSRLNFPLHLSQVLDLLQDACEALLENIVAE...

XP_057805520.1
MNTLHTTTLSNLISQKSPIRRRAPLRSHRLQPFLPNTNSAEHPKLSIKPTRIAAASMAPTPSTALDDSAPASKPFSVLFVCLGNICRSPAAEGVFRHLVKERGLDSKFYIDSAGTINYHEGDQADPRMRASSKKRGIEITSISRPIKPSDFRDFDLILAMDNQNREDILGAFERWRHREPLPGNAHEKVRLMCSFCKRHDETEVPDPYYGGPQGFEKVLDLLQDACEALLENIVAEKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器