Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003984`

染色体: Chr04 坐标: 55281622-55283747 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003984`
名称	SmilChr04G003984
描述	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55281622 - 55283747 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020849`
GeneID	`131020849`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020849`
原始查询	`LOC131020849`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase-like
产物	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase-like
Arabidopsis	`AT1G76490` (HMG1) hydroxy methylglutaryl CoA reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843982] identity=73.2; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0492700` (HMGR) - identity=69.3; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004420 (hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process); GO:0015936 (coenzyme A metabolic process); GO:0016126 (sterol biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00368 (HMG-CoA_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057805876.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057805876.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057805876.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805876.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805876.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55281932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B24,B34,D8
`Chr4:55281986`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr4:55281998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C33,C5
`Chr4:55282043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr4:55282044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr4:55282058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C27,C60,D6,D9
`Chr4:55282074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B20,C12,C55,D3
`Chr4:55282087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,C23
`Chr4:55282200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr4:55282307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,D11
`Chr4:55282330`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C78,C9
`Chr4:55282330`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C78,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805876.1

562 aa

281

562

HMG-CoA_red

PF00368 HMG-CoA_red 176-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805876.1`	Pfam	`PF00368`	HMG-CoA_red	Family	176	552	7.8e-146	486.5	Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949893.1
CACACCCAAAATTCAATCAAATGCTACAATTTGCGGCAGCATTTTTTAAGCAAGAACCCTCACCTCACCTTCCTTTTGAATTTTAACCAACAAATTCATATTATAAATACCATCATTAGTCATTCAATTCATTTCACCAAACACCAAATTTCCAATTCCAGCAGCGAGCAGTGCAGTCCAGCCTACTCTGCCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTACCTCTCTTTCTCTCTCAAGCTTGATCGGAATGGAGGCCCGCCGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020849
ATGGAGGCCCGCCGCCGTGAGAATAAGCTTAAGCTCGCCGATGAGTCGGTGAAGGCCTCCGACGCCCTCCCGCTGCCGCTCTACCTCACCAACGCCTTCTTCTTCACTCTCTTCTTCTCGGTGGTTTACTTCCTGCTCCTCCGGTGGCGCGAGAAGATCCGCAACTCCACCCCTCTCCACGTCGTTACTGTCTCCGACATCGCCGCCGTCCTCACATTCGTCGCCTCCTTCATCTACCTTCTCGGCTTCTTCGGCATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805876.1
MEARRRENKLKLADESVKASDALPLPLYLTNAFFFTLFFSVVYFLLLRWREKIRNSTPLHVVTVSDIAAVLTFVASFIYLLGFFGIGFVQSIIIPRAPLEDVTDDEDEISDFDRLMVKEDSPKIPCAAAAPKSDYLKIEKIEVTDEQDEEIVKSVVEGKIPSYALESKLGDCRRAAAIRREALQRITGKSLEGLPLNGFDYESILGQCCEMPVGYVQIPVGIAGPLLLDEHEYSVPMATTEGCLVASTNRGCKAIYASGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器