当前解析结果
SmilChr04G004181| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004181 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004181 |
| 描述 | protein GFS12 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 56385407 - 56394503 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021063 |
|---|---|
| GeneID | 131021063 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021063 |
| 原始查询 | LOC131021063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein GFS12 |
| 产物 | protein GFS12 |
| Arabidopsis | AT5G18525 (AT5G18525)protein serine/threonine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745988] identity=52.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0327600- identity=48.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF00400 (WD40); PF02138 (Beach) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021063 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806124.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057806124.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806124.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806124.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806124.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:56385459 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D7 |
Chr4:56385462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B74,D11 |
Chr4:56386243 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B38,B39,C83 |
Chr4:56386542 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,C76,D8 |
Chr4:56386554 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B74,C70,D11 |
Chr4:56386631 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B76,C57 |
Chr4:56386815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr4:56387111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:56387259 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B76,C57 |
Chr4:56387286 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B131,B57,B87,C18,C46,C49,D9 |
Chr4:56387316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr4:56387383 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,C24,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806124.1PF00069
Pkinase 220-301 aa
PF02138
Beach 361-572 aa
PF00400
WD40 1348-1382 aa
PF00400
WD40 1518-1555 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806124.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 220 | 301 | 1.2e-16 | 61.6 | Protein kinase domain |
XP_057806124.1 |
Pfam | PF02138 |
Beach | Family | 361 | 572 | 2.5e-40 | 139.3 | Beige/BEACH domain |
XP_057806124.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 1348 | 1382 | 8.2e-09 | 36.3 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057806124.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 1518 | 1555 | 8.2e-09 | 36.3 | WD domain, G-beta repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。