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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002770

染色体: Chr04 坐标: 43493519-43498563 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002770
名称SmilChr04G002770
描述receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向43493519 - 43498563 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021865
GeneID131021865
locus_tag-
NCBI NameLOC131021865
原始查询LOC131021865

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1
产物receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK1
ArabidopsisAT5G65530 (AT5G65530)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836679]
identity=60.1; qcov=0.938; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0663900 (OsRLCK212)
-
identity=54; qcov=0.953; evalue=1.04e-156; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057807170.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057807170.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807170.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807170.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807170.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:43495445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr4:43495869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B117,C17
Chr4:43496211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B136,B44,C55
Chr4:43496473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr4:43497731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:43497752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:43497784 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A6,B104,B54,C4,C42
Chr4:43497784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B104,B54,C4,C42
Chr4:43497800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B104,B54,C4,C42
Chr4:43497964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:43497979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807170.1
468 aa
N
1
234
468
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 155-418 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 156-420 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807170.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 155 418 1.1e-38 133.9 Protein kinase domain
XP_057807170.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 156 420 2.2e-41 142.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951187.1
TAGTAAAATGGATCAATATTAATCCAGTCTAATTAAATTATAGTATTGTGGTAAGTATAAATATAGCATTTATTCCCTTCACCGCATATTAAGCTCAGGTTTTCCCTCTGCACTCTCCAAAGAATATCGACCTTGAGATAGAGAGAGAGAGAAAGATATACCAATTCTTGTACTTTCTCTTCTTCTGTTTTCTCTCTCTGTTCTTGAAGGGCAGAGGGAATGACATGGGTTTGCTCGAACGCGAAATCCCCAAGCTGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021865
ATGGAAGGAGGTGATGAAACGAAGGTGAGGATAGAGGCAGCAGATGATGCTGCAACAGCAACAGAAATAAAAAAGAAAAAAGAGGAAGCGGGAGAAGAAGAGGGGTCATCTCCGAGGGGCGTGCTGGAGATACCGGTATCCGGTGCGTATTCGGACAGCAGTTTCGAGGGGGAGAAATCGGGTGCGGCGGAAAGAGGGCTTGCATGGGAGCTCAGTTATGGAACTCTGCATTGGAAGAAGCTGTTTGGGCAGATAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807170.1
MEGGDETKVRIEAADDAATATEIKKKKEEAGEEEGSSPRGVLEIPVSGAYSDSSFEGEKSGAAERGLAWELSYGTLHWKKLFGQIKKKSPMKFSTIPLLGGYGYDLSKKAFKKRLGRNHSAGEAISCQDIVMPKPSWRNFTFEHLKLATNNFSPDNVIGKGGHAEVYKGLLADGQVVAVKKITNEQKNNEDRVGDFLSELGIIAHIDHPNTAKLIGFSADGGLHLVLQYSPHGSLSTVLHGDSGEAMDWDRRYKVAKGIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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