当前解析结果
SmilChr04G000148| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000148 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000148 |
| 描述 | probable CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 1297252 - 1299763 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022078 |
|---|---|
| GeneID | 131022078 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022078 |
| 原始查询 | LOC131022078 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase 2 |
| 产物 | probable CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase 2 |
| Arabidopsis | AT4G38570 (PIS2)Putative CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830014] identity=72.7; qcov=0.987; evalue=2.14e-118; confidence=high |
| Rice | Os02g0123600- identity=61; qcov=1; evalue=6.26e-103; confidence=high |
| GO | GO:0003881 (CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006661 (phosphatidylinositol biosynthetic process); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01066 (CDP-OH_P_transf) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022078 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057807447.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057807447.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807447.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807447.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807447.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:1297618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:1298514 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B53,C23,C25,C82 |
Chr4:1298639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B50,C84 |
Chr4:1298820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807447.1PF01066
CDP-OH_P_transf 15-107 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807447.1 |
Pfam | PF01066 |
CDP-OH_P_transf | Family | 15 | 107 | 3.4e-17 | 64.0 | CDP-alcohol phosphatidyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。