Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001255`

染色体: Chr04 坐标: 19804385-19805890 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001255`
名称	SmilChr04G001255
描述	2-methylene-furan-3-one reductase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	19804385 - 19805890 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023689`
GeneID	`131023689`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023689`
原始查询	`LOC131023689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-methylene-furan-3-one reductase-like
产物	2-methylene-furan-3-one reductase-like
Arabidopsis	`AT1G23740` (AOR) Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838984] identity=51.9; qcov=0.987; evalue=1.31e-96; confidence=high
Rice	`Os08g0379400` - identity=53.5; qcov=0.987; evalue=6.02e-101; confidence=high
GO	GO:0016628 (oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor)
KEGG	-
Pfam	PF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809239.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809239.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057809239.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809239.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:19804512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B139,B62,C22,C44
`Chr4:19804545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr4:19804622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:19804626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr4:19804742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:19804881`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B139,C18,C22,C44
`Chr4:19804950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B59
`Chr4:19805106`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:19805273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,A25,C57
`Chr4:19805292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809239.1

314 aa

157

314

ADH_N

ADH_zinc_N

ADH_zinc_N_2

PF08240 ADH_N 27-118 aa PF00107 ADH_zinc_N 160-246 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 193-305 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809239.1`	Pfam	`PF08240`	ADH_N	Domain	27	118	1.9e-15	57.7	Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
`XP_057809239.1`	Pfam	`PF00107`	ADH_zinc_N	Domain	160	246	1.8e-11	44.8	Zinc-binding dehydrogenase
`XP_057809239.1`	Pfam	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	Domain	193	305	1.7e-16	62.0	Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953256.1
ACTCCCTTAAAATTTTCCATTAAACAATCATCCTTGAGTTCCATACGACAAGTAAAATAATCTTGCCAGAATTGAGAAAACAAAGTTACAATGAGGTCATCACAATTATTGTTCCAATAAGAGTAGCAACATTGTCGTATGAAACAAAAGTTTTTCAAGCACAAATGTAAGCACTAGCTAGTTTAATCCTCATCAGTCATCAATTCTTCTCCTCCATTTCTCCAAGATCAATCTATCTGCACACACATACATATATCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023689
ATGCAAAAGGCTTGGGTGTATGAAGAGCATGGATCCAAGGAAGTTCTGAAGCTAAGAGACATTCCCATCCCATCTCCACAGCCTCATCAACTGCTCATCCAAGTCCATGCTGCAGCACTCAACCCTATTGATTCCAAGTTGCGCCAGAATCCATTAGGCCGCTTAGATCTTCCCGTTGTCCCTGGCTGTGACATGGCTGGCGTCGTGGTGGCAAAAGGAGACGGCGTGGTGAGATTCCAAGCCGGTGATGAGGTTTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809239.1
MQKAWVYEEHGSKEVLKLRDIPIPSPQPHQLLIQVHAAALNPIDSKLRQNPLGRLDLPVVPGCDMAGVVVAKGDGVVRFQAGDEVYGNIQDFGRGGKLKQLGTLAEFTAVEESLVAVKPRNLSFAEAASLPVALQTAAEGFKTAGFEEGQSVFIVGGAGGVGTLAVQLAKQCYKASFVAATTSTKKVEFVKRLGADKVVDYTKIAYEQVEEKYDLVYDTIGDSRNSYVVAKEGGSVVDITWPPSNPRARFSSLTVSADLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器