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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003229

染色体: Chr05 坐标: 41427772-41430206 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003229
名称SmilChr05G003229
描述cytochrome P450 CYP749A22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41427772 - 41430206 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024467
GeneID131024467
locus_tag-
NCBI NameLOC131024467
原始查询LOC131024467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 CYP749A22-like
产物cytochrome P450 CYP749A22-like
ArabidopsisAT2G46960 (CYP709B1)
cytochrome P450, family 709, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819310]
identity=39.4; qcov=0.988; evalue=1.59e-124; confidence=medium
RiceOs07g0635500 (OsCYP709C5)
-
identity=38.1; qcov=0.975; evalue=6.89e-129; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057809959.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057809959.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809959.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809959.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809959.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41428069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,D6
Chr5:41428070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B129,C17,C36
Chr5:41428078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B122,C35,C86
Chr5:41428079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr5:41428181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:41428194 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B3,B50
Chr5:41428194 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B3,B50
Chr5:41428216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B69,B9,C5
Chr5:41428237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B99,C54
Chr5:41428257 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 239 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D8,D9
Chr5:41428260 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 239 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D8,D9
Chr5:41428261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809959.1
511 aa
N
1
256
511
p450
C
PF00067 p450 80-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809959.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 486 1.5e-77 262.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953976.1
GCTGTTTTATCGTATAAAACATAAACCAAACGTCAAATAGTAGCGTATTCTAATCAAATGAAAGAAATATGCAATAATTATAATATACTAATCTTTGCCTACACTTACTGACTCCCCTCCTCCATAAATTAATCAATTCCACTTGAATCGATATTTCAATAGATTTAGAGGTTCAATTCTTGATTAATTGAAACCATGATCCCACTTTTAGCTATGTGTGTGTCCCTTTTTGTGTTGATAATTCCTTCAATAATCTTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024467
ATGATCCCACTTTTAGCTATGTGTGTGTCCCTTTTTGTGTTGATAATTCCTTCAATAATCTTTTACAAATTATGCTGGATTCCTCTTCATCTTCAACGTTTGATGGAATCTCAAGGAATCAGAGGTCCTCCTTACAGATTCTTCCATGGCAGCACCAAGGAGATTATCAAGATGGAGCAGCAAACAAATGATGCAGCTGCCATGCACTTATTAGATCATGATATATTTCCAATAATTCAGCCTCACTTCAACTCTTGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809959.1
MIPLLAMCVSLFVLIIPSIIFYKLCWIPLHLQRLMESQGIRGPPYRFFHGSTKEIIKMEQQTNDAAAMHLLDHDIFPIIQPHFNSWIKLYGNNFLHWIGTDPEIVITEAELIKEILTNKQATFPKITPKSYFIKLFGDGLVVAEGEKWSRLRKLSNHAFHGECLKDMVPAMVACVETMLEKWKTHHGRDIEVCSEFKHLSSEVISRTAFGSGYLEGRKIFAMLSKLGILIFRNRLNIRFFSLGKFIRTQDDIEADKTEQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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