Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001256`

染色体: Chr01 坐标: 25198578-25202662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001256`
名称	SmilChr01G001256
描述	non-specific phospholipase C2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	25198578 - 25202662 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024474`
GeneID	`131024474`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024474`
原始查询	`LOC131024474`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific phospholipase C2-like
产物	non-specific phospholipase C2-like
Arabidopsis	`AT2G26870` (NPC2) non-specific phospholipase C2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817228] identity=68; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0955000` (OsNPC2) - identity=69.2; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009395 (phospholipid catabolic process); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00565 (Ether lipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04185 (Phosphoesterase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057809965.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057809965.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057809965.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809965.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:25198735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B29,B71
`Chr1:25198770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,D6
`Chr1:25198771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,C19,C64,C66,C82
`Chr1:25198840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B15
`Chr1:25198921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr1:25198925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:25199099`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A16,B19,B24,B25,B28,B6,B85,B88,B91,B99,C1
`Chr1:25199104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B138,C44,D7
`Chr1:25199110`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A16,B109,B11,B19,B24,B25,B26,B28,B85,B88,B91,B99,C1,C52
`Chr1:25199113`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	A16,B109,B11,B19,B24,B25,B26,B28,B85,B88,B91,B99,C1,C52
`Chr1:25199116`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A16,B109,B11,B19,B24,B25,B26,B28,B85,B88,B91,B99,C1,C52,C8
`Chr1:25199149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809965.1

511 aa

256

511

Phosphoesterase

PF04185 Phosphoesterase 26-387 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809965.1`	Pfam	`PF04185`	Phosphoesterase	Family	26	387	9e-108	361.3	Phosphoesterase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953982.1
CATCACTACCCAATCCTCACTCCCCAACACATAATAATGCAGAAATCCTCACCAATGGCCTCATCACTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTATCCGCCGCCGCCGGCAGCCCCATAAAAACAGTGGTGGTGCTGGTGATGGAGAACCGGTCGTTCGACCACATGCTGGGGTGGATGAAGAAGCTCAACCCGGATATAAACGGAGTTGATGGATCCGAATCCAACCCTATCAACACAACCGACCCGAATTCCAAGCGCCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024474
ATGCAGAAATCCTCACCAATGGCCTCATCACTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTATCCGCCGCCGCCGGCAGCCCCATAAAAACAGTGGTGGTGCTGGTGATGGAGAACCGGTCGTTCGACCACATGCTGGGGTGGATGAAGAAGCTCAACCCGGATATAAACGGAGTTGATGGATCCGAATCCAACCCTATCAACACAACCGACCCGAATTCCAAGCGCCTCTCATTCGGCCACGACTCCCACTTCGTCGACCCGGACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809965.1
MQKSSPMASSLLFLLLLLSAAAGSPIKTVVVLVMENRSFDHMLGWMKKLNPDINGVDGSESNPINTTDPNSKRLSFGHDSHFVDPDPGHSFQAIREQIFGSNDTSAATPPMNGFAQQASSMADPHMPQSVMNGFQPDKVAVYKALVSEFAVFDRWFASVPASTQPNRLYVHSGTSHGATSNDATKLALGYPQRTIFEDVEAAGLSFGIYFQNIPATLFYRNLRKLKYISRFHSYAPDFKRDAAAGKLPAYAVVEQRYTDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器