Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004039`

染色体: Chr05 坐标: 54371909-54375277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004039`
名称	SmilChr05G004039
描述	lipid phosphate phosphatase 2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54371909 - 54375277 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025102`
GeneID	`131025102`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025102`
原始查询	`LOC131025102`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipid phosphate phosphatase 2-like
产物	lipid phosphate phosphatase 2-like
Arabidopsis	`AT3G02600` (LPP3) lipid phosphate phosphatase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821299] identity=67.7; qcov=0.94; evalue=5.39e-154; confidence=high
Rice	`Os08g0359200` (P0488B06.38-1) - identity=57.5; qcov=0.966; evalue=2.44e-129; confidence=high
GO	GO:0006644 (phospholipid metabolic process); GO:0008195 (phosphatidate phosphatase activity)
KEGG	smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01569 (PAP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057810690.1`
2	Endosome	内体	1.00000	`XP_057810690.1`
3	Endosome membrane	内体膜	0.80000	`XP_057810690.1`
4	Vesicle	囊泡	0.60000	`XP_057810690.1`
5	Lysosome	溶酶体	0.20000	`XP_057810690.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54372358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C62
`Chr5:54373009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B52,C43
`Chr5:54373117`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D6
`Chr5:54373147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B19,B91
`Chr5:54373168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,D5
`Chr5:54373449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:54373621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C44
`Chr5:54374148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B69,B9
`Chr5:54374364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr5:54374375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:54374930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr5:54374949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810690.1

319 aa

160

319

PAP2

PF01569 PAP2 115-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810690.1`	Pfam	`PF01569`	PAP2	Family	115	259	1.7e-32	112.6	PAP2 superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954707.1
ATCCTTGGCTTTCAACGCCGTTATACAATTCGCTCAACCGTCTCTAACTGGGGCGGGCGCCTCCTCTTCATTTTCAAATTTCCTCCCACGAGAAACCCAAATCTTCTCGTTTCGATTTTATCTCATCTCAAAAACTAAGAATCTTCACACACACTTTTGAAGATCTGGAGCGAAACACAGTTAAGAAAAACTTGAATTTTTGAAATAAGGAAGTGCAACTTGTGGTAGCCTTGTTTCAAAGATTTCTCCGAACCGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025102
ATGGGTTTGAGAAATTTGTTTGGGAACATGTTTCAGGCTAGAGACAATGAGATTGAGCTGGGAGGCCGGTATACGATTAAGTCTCATGGCAGACAGCTTGCGGGAAGTCATAAGCACGACTGGCTGATACTTATACTGCTTGTGGTGATAGAGATAGTCTTGAATATCATTCACCCGTTTTACCGTTTTGTTGGGGAAGGCATGATGACGGATCTCAGATATCCTATGAAAGAAAACACCGTGCCAGTGTGGTCAGTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810690.1
MGLRNLFGNMFQARDNEIELGGRYTIKSHGRQLAGSHKHDWLILILLVVIEIVLNIIHPFYRFVGEGMMTDLRYPMKENTVPVWSVPMYAVLLPIAVFVFYYLRRGDVHDLHHSVLGLLFAVLITGVLTDAIKDAVGRPRPDFFWRCFPDGRDAYDQWGNVVCHGKDSDIKEGHKSFPSGHTSWSFAGLTFLSLYLAGKIKCFDSKGHVAKLCLIILPLLAACLVGISRVDDYWHHWQDVFAGGLLGLVVATFCYLQFFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器