当前解析结果
SmilChr05G004058| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004058 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004058 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 54538840 - 54543137 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025121 |
|---|---|
| GeneID | 131025121 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025121 |
| 原始查询 | LOC131025121 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase 6 |
| 产物 | GDSL esterase/lipase 6 |
| Arabidopsis | AT1G71120 (GLIP6)GDSL-motif lipase/hydrolase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843452] identity=64.5; qcov=0.938; evalue=1.99e-154; confidence=high |
| Rice | Os09g0132200 (OsGELP97)- identity=33.5; qcov=0.935; evalue=1.59e-57; confidence=low |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025121 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057810719.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810719.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810719.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810719.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810719.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:54539619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:54539652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr5:54539657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr5:54541190 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C29 |
Chr5:54541223 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A10,D4 |
Chr5:54541223 |
CAA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | A10,D4 |
Chr5:54541245 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,B78 |
Chr5:54541441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:54541445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B7,C2,D4 |
Chr5:54541477 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr5:54541477 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:54541636 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B115 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810719.1PF00657
Lipase_GDSL 27-332 aa
XP_057810720.1PF00657
Lipase_GDSL 27-332 aa
XP_057810721.1PF00657
Lipase_GDSL 27-332 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810719.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 332 | 4.1e-36 | 125.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057810720.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 332 | 4.1e-36 | 125.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057810721.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 332 | 4.1e-36 | 125.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。