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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002435

染色体: Chr01 坐标: 41937199-41940904 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002435
名称SmilChr01G002435
描述acid beta-fructofuranosidase 2, vacuolar-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向41937199 - 41940904 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025393
GeneID131025393
locus_tag-
NCBI NameLOC131025393
原始查询LOC131025393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acid beta-fructofuranosidase 2, vacuolar-like
产物acid beta-fructofuranosidase 2%2C vacuolar-like
ArabidopsisAT1G12240 (ATBETAFRUCT4)
Glycosyl hydrolases family 32 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837777]
identity=61.1; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0535600 (OSINV2)
-
identity=58.7; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00251 (Glyco_hydro_32N); PF08244 (Glyco_hydro_32C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057811116.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057811116.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057811116.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811116.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057811116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:41937321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,C35
Chr1:41937356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B122,B56,B96,C23
Chr1:41937359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,C10,C59,C67
Chr1:41937380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C83
Chr1:41937403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:41937407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B7,C35
Chr1:41937410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:41937431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:41937443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:41937510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B131,B78
Chr1:41937514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:41937520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B104,B131,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811116.1
655 aa
N
1
328
655
Glyco_hydro_32N
Glyco_hydro_32C
C
PF00251 Glyco_hydro_32N 118-436 aa PF08244 Glyco_hydro_32C 439-629 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811116.1 Pfam PF00251 Glyco_hydro_32N Repeat 118 436 6.5e-105 351.8 Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain
XP_057811116.1 Pfam PF08244 Glyco_hydro_32C Domain 439 629 1.4e-23 84.5 Glycosyl hydrolases family 32 C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955133.1
TAATATAATGCAAGTCTCATAAGCAAGTTCTCTTGCCACTAAAAAATTATTTTCACCAAAAAAAAATTATATTGCCCATGCAAAATATGTCTGTCCCTAATGCAACTTTCTATCGTGATGACGAGCTATCAAATGTGACCGTCGAAGCTCCCTCCGCCCCGTTGCTCGTCGGCCGCCCCGCCGCAGATCGGGAGGAGGTCCGGCGCCGGCCGTCGACTGTGATCCTCCTGTTGATGATAGGGCTGTTGGGCGTCGGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025393
ATGCAAAATATGTCTGTCCCTAATGCAACTTTCTATCGTGATGACGAGCTATCAAATGTGACCGTCGAAGCTCCCTCCGCCCCGTTGCTCGTCGGCCGCCCCGCCGCAGATCGGGAGGAGGTCCGGCGCCGGCCGTCGACTGTGATCCTCCTGTTGATGATAGGGCTGTTGGGCGTCGGATTGTTTCTTGTGGTCAGATCATCGCCACATAGCTACAATGAAAGCGAGACGAAGGGGCCCGCGGCGGCCGAGCGAGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811116.1
MQNMSVPNATFYRDDELSNVTVEAPSAPLLVGRPAADREEVRRRPSTVILLLMIGLLGVGLFLVVRSSPHSYNESETKGPAAAERGVKEGVSAKSGPKVGPAYPWTAKLLAWQRTAYHFQPKKNWMNDPNGPMLYKGWYHFFYQYNPYGAVWGNIVWGHAVSSDLINWRHLPIAMIPDQWYDINGVWTGSATFLENGKLIMLYTGSTNESVQVQNLAFPADSSDPFLIDWVKYSGNPVLVPPPGIDIKDFRDPTTAWKTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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