Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003533`

染色体: Chr05 坐标: 47198091-47199645 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003533`
名称	SmilChr05G003533
描述	uncharacterized SmilChr05G003533
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	47198091 - 47199645 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026026`
GeneID	`131026026`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026026`
原始查询	`LOC131026026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=27.39; qcov=0.963; evalue=5.12e-47; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=38.72; qcov=0.893; evalue=2.1e-92; confidence=medium
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026026

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，投票比例不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811787.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811787.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:47198135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B13,B40,C15,D6
`Chr5:47198138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B38,B40,C15,D6
`Chr5:47198212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:47198247`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A15,A16,B131,B135,B3,B37,B98,C1,D10,D9
`Chr5:47198251`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A15,A16,B131,B135,B3,B37,B98,C1,D10,D9
`Chr5:47198265`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A10,A15,A19,A2,A7,B101,B110,B113,B131,B132,B134,B135,B16,B24,B25,B26,B36,B40,B41,B52,B53,B58,B69,B70,B71,B80,B82,B98,C1,C10,C14,C27,C28,C3,C35,C38,C48,C49,C5,C53,C55,C56,C63,C65,C72,C79,C83,D10,D11,D9
`Chr5:47198344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr5:47198469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	90	A10,A11,A15,A16,A23,A24,A3,A8,B1,B104,B105,B109,B113,B118,B120,B122,B124,B125,B13,B132,B133,B136,B139,B14,B140,B15,B21,B24,B25,B28,B37,B44,B46,B51,B52,B53,B54,B63,B67,B7,B70,B73,B74,B76,B77,B78,B80,B82,B85,B90,B91,B92,B95,C10,C11,C13,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C36,C38,C4,C41,C42,C46,C48,C49,C5,C52,C6,C61,C62,C67,C68,C69,C7,C71,C74,C80,C81,C82,C83,C87,D6
`Chr5:47198528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A1,B14,B27,B32,B49,B51,B74,B89,C17,C29,C87
`Chr5:47198542`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A4,B117,B121,B124,B38,B39,B40,B45,B49,B51,C32,C35,C39,C63,C67,D11
`Chr5:47198559`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C32
`Chr5:47198559`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811787.1

458 aa

229

458

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 101-195 aa PF00872 Transposase_mut 119-254 aa PF04434 SWIM 350-378 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811787.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	101	195	3.6e-17	63.2	MULE transposase domain
`XP_057811787.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	119	254	1e-08	35.2	Transposase, Mutator family
`XP_057811787.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	350	378	2.2e-09	37.4	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955804.1
ATGAACGTGTTCAGGTTCAAGCCTCAAATGAATGTGATTGAGCTGCAGGATGACATTAATTTGAAGTATGCAATTCAACCATCTAAAGGGAGATTGTATAGAGCCAAGGAGGAGGCACTTCGCATGTTGAGGGGGACTGTAACTCATCATTATGGAATGTTGAGATCTTACATCAGTGAATTGATGAGAGTGGATAGAGAGGGAAGATATGAGCTACTAACTGAGGACAGAATCTTTAAGGCATTATATATAGGATTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080391.1_cds_XP_057811787.1_29297
ATGAACGTGTTCAGGTTCAAGCCTCAAATGAATGTGATTGAGCTGCAGGATGACATTAATTTGAAGTATGCAATTCAACCATCTAAAGGGAGATTGTATAGAGCCAAGGAGGAGGCACTTCGCATGTTGAGGGGGACTGTAACTCATCATTATGGAATGTTGAGATCTTACATCAGTGAATTGATGAGAGTGGATAGAGAGGGAAGATATGAGCTACTAACTGAGGACAGAATCTTTAAGGCATTATATATAGGATTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811787.1
MNVFRFKPQMNVIELQDDINLKYAIQPSKGRLYRAKEEALRMLRGTVTHHYGMLRSYISELMRVDREGRYELLTEDRIFKALYIGFSALKKGFMEGCRRIIGLDGCFLKTHLGGQLLCAIAKDGNNQMFPIAWAVVEVENESCWRWFLKILLEELGIEDGLGVTFISDQQKGLQNAVKELAPFAEHRNCARHVYCNWKKQFKGATLKNIFWRAVRSTYRDEFDAAVEEMRQENQSAYDDFMEKDHHRFCKVFVSTHCNSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器