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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000084

染色体: Chr05 坐标: 461963-463164 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000084
名称SmilChr05G000084
描述mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向461963 - 463164 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026563
GeneID131026563
locus_tag-
NCBI NameLOC131026563
原始查询LOC131026563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
产物mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like
ArabidopsisAT5G65600 (AT5G65600)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686]
identity=33.2; qcov=0.807; evalue=8.44e-18; confidence=low
RiceOs08g0124500
-
identity=32.8; qcov=0.963; evalue=1.44e-30; confidence=low
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00139 (Lectin_legB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026563

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812434.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812434.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812434.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812434.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:462179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr5:462192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C41
Chr5:462207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B120,B136,B42
Chr5:462224 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 39 A15,A2,A25,B1,B101,B105,B11,B113,B137,B139,B17,B18,B21,B3,B30,B31,B36,B37,B44,B45,B47,B50,B54,B76,B86,B91,B95,B97,C19,C23,C29,C39,C48,C55,C68,C73,C77,C81,D2
Chr5:462228 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 33 A1,A21,A22,B107,B109,B114,B126,B128,B135,B14,B18,B32,B34,B4,B43,B53,B55,B56,B58,B90,B93,C11,C16,C19,C24,C25,C44,C6,C69,C82,C87,C9,D7
Chr5:462256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:462286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B34,C60,C65,D1
Chr5:462365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr5:462376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr5:462380 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 23 A13,B11,B110,B111,B122,B135,B34,B37,B51,B60,B64,B77,B82,B95,C16,C25,C36,C37,C39,C48,C82,D11,D4
Chr5:462382 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 23 A13,B11,B110,B111,B122,B135,B34,B37,B5,B51,B60,B64,B82,B95,C16,C25,C36,C37,C39,C48,C82,D11,D4
Chr5:462406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812434.1
269 aa
N
1
134
269
Lectin_legB
C
PF00139 Lectin_legB 26-253 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812434.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 26 253 6.8e-50 170.6 Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956451.1
TGCAAATTAGGATTTATTCCATCTAATTAGTGAATAATAAGACATATAATTTGGGATAGATGCACGATGATTGATTGATACAATTATTATCAGGCATGAACCATACTAGTATAAATAGGTGCAAGAGATCGATACCACCATCATCCACCACATCTCTAAATCTAAATCTATTAAGCCATGGCCAACTTAACTCCTCTCCTCGCCTCCATCGCCCTCCTCCTCGCCGTTTCCAACACGGCGTTGTCCCAAACGACGTCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026563
ATGGCCAACTTAACTCCTCTCCTCGCCTCCATCGCCCTCCTCCTCGCCGTTTCCAACACGGCGTTGTCCCAAACGACGTCGTTCACCTTCGACTTCTGGGGCGACCAGCCGAAAGATCTCATCTATCAAGGCAACGCCCATTTCCCGACGGACTCCACCTTCCTCCGCCTCACAGACGCACAACCGTCCCAAGTCGGCCGCGTCATGTACTCGGAACCGGTCCAATTCTGGATGTCCAATGGGCAGGTCGACTTCGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812434.1
MANLTPLLASIALLLAVSNTALSQTTSFTFDFWGDQPKDLIYQGNAHFPTDSTFLRLTDAQPSQVGRVMYSEPVQFWMSNGQVDFETTVNFIITPGADNEPADGLAFFIAPVDSTIPPGSDGANLGIFGSNGNSPGVFAVEIDTYVNGAWDPLYPHIGIDFGSRESSKTTPVDSSILKQQVTARINYVGATRMISVKVTAGNQTFDVSYEYDLSYFVAQEVQVGLSAATGQHVATHDIVSWYFTATMVQKNAAAWSRKEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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