Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000104`

染色体: Chr05 坐标: 640304-642439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000104`
名称	SmilChr05G000104
描述	chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	640304 - 642439 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026653`
GeneID	`131026653`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026653`
原始查询	`LOC131026653`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
产物	chloroplast envelope quinone oxidoreductase homolog
Arabidopsis	`AT4G13010` (AT4G13010) Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826914] identity=64.4; qcov=1; evalue=1.03e-142; confidence=high
Rice	`Os09g0503100` - identity=56.2; qcov=1; evalue=1.33e-116; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	smil00592 (alpha-Linolenic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057812551.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057812551.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057812551.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057812551.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812551.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:640672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C5,C65
`Chr5:640810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B69,B99,C87
`Chr5:640883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:640911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr5:640978`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr5:640978`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr5:640980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:641017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B138,B2,B72
`Chr5:641018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B27,B4
`Chr5:641071`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B13,D10
`Chr5:641071`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B13,D10
`Chr5:641073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812551.1

337 aa

168

337

ADH_N

ADH_zinc_N

ADH_zinc_N_2

PF08240 ADH_N 33-120 aa PF00107 ADH_zinc_N 174-237 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 205-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812551.1`	Pfam	`PF08240`	ADH_N	Domain	33	120	3.6e-17	63.2	Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
`XP_057812551.1`	Pfam	`PF00107`	ADH_zinc_N	Domain	174	237	2.4e-09	37.9	Zinc-binding dehydrogenase
`XP_057812551.1`	Pfam	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	Domain	205	335	1.1e-14	56.2	Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956568.1
GCAAGCGGCCGCGGATTTGCCACATCCACATAGTCTTGAGTGGAGGGCATTTCTGTCATTTCAACCCATTCCGATGATTCTCATCCAATGATTCCATCTCTATTTAAACCAACTAGTTTCTTTTAAATGATTCCATTGAATTGTTTCACACATAAATACTCATTTACTTATTTTTCTTGTATCTAACATGGCGAGCAGGCTTATGCATGCACTTGTTTACGGCGGCGGTTACGTCGACGGAGCCGTGGGTTTGAAGCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026653
ATGGCGAGCAGGCTTATGCATGCACTTGTTTACGGCGGCGGTTACGTCGACGGAGCCGTGGGTTTGAAGCATGTTGAAGTTCCAGTTCCTAGTCCAGGAAAAGATGAACTTCTCATAAAGGTGGAAGCTGCAAGCATAAATCCAGTTGATTGGAAGATCTATAATCTTAGAAATCTGCTACGCCCCTTTCTTTCTAGATCTCATCCTCCCATTCCCGGCAACGATGTGGCGGGAGAGGTGGTGGAGGTTGGATCTCGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812551.1
MASRLMHALVYGGGYVDGAVGLKHVEVPVPSPGKDELLIKVEAASINPVDWKIYNLRNLLRPFLSRSHPPIPGNDVAGEVVEVGSRVQKFKPGDNVVTVLSVYTAGGLSEYCVAKEKVTVLRPAEVSAAEGAGLPVAGLTALVSLTQYAGLKLNKHGDENGPQKNILVTAASGGVGQYAVQLAKLGGAHVTATCGARNFELVKGLGADEVLDYKTAEGAALVSPSGRRYDAVVHCAPTVPWSVFEPNLAENGVVIDLIPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器