Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000002`

染色体: Chr01 坐标: 64153-66586 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000002`
名称	SmilChr01G000002
描述	uncharacterized SmilChr01G000002
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	64153 - 66586 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006420`
GeneID	`131006420`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006420`
原始查询	`SmilChr01G000002`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236]; symbol=AT1G02475; hit=AT1G02475; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236]; symbol=AT1G02475; hit=AT1G02475; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G02475` (AT1G02475) Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236] identity=73.5; qcov=0.632; evalue=9.23e-63; confidence=high
Rice	`Os01g0328600` - identity=73.9; qcov=0.249; evalue=9.08e-19; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03364 (Polyketide_cyc); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057789573.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057789573.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057789574.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057789573.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789574.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:65384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr1:66463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789573.1

221 aa

110

221

Polyketide_cyc2

Polyketide_cyc

PF10604 Polyketide_cyc2 76-209 aa PF03364 Polyketide_cyc 81-208 aa

XP_057789574.1

185 aa

185

Polyketide_cyc

PF03364 Polyketide_cyc 81-177 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789573.1`	Pfam	`PF10604`	Polyketide_cyc2	Family	76	209	1.1e-08	36.1	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
`XP_057789573.1`	Pfam	`PF03364`	Polyketide_cyc	Family	81	208	1.7e-15	58.1	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
`XP_057789574.1`	Pfam	`PF03364`	Polyketide_cyc	Family	81	177	2.4e-12	47.9	Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933590.1
TAATACTCCTATGTGTATTGAGGAGTCGACGGCGACGAAACAAGCGTGCAGACTCTAGGCTGAAGCACCTTGAAAAATAATCCGCTATCTGATCGGCGGCGCTTCCTCTCATTCCCAATGTCGGCAGCTGCAGCAACGGCGGTGGTAGCACTAATTAACCACCACGCCACATCCGGCGCCGAGAAACTCAAGCCCCGCTCTTTATCCTCCCATAATCCATTCGCCAAAAAAGTGTTGCGTGTCGGCAGATTTTATGCCCC...

XM_057933591.1
TCCTATGTGTATTGAGGAGTCGACGGCGACGAAACAAGCGTGCAGACTCTAGGCTGAAGCACCTTGAAAAATAATCCGCTATCTGATCGGCGGCGCTTCCTCTCATTCCCAATGTCGGCAGCTGCAGCAACGGCGGTGGTAGCACTAATTAACCACCACGCCACATCCGGCGCCGAGAAACTCAAGCCCCGCTCTTTATCCTCCCATAATCCATTCGCCAAAAAAGTGTTGCGTGTCGGCAGATTTTATGCCCCTTCAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131006420
ATGTCGGCAGCTGCAGCAACGGCGGTGGTAGCACTAATTAACCACCACGCCACATCCGGCGCCGAGAAACTCAAGCCCCGCTCTTTATCCTCCCATAATCCATTCGCCAAAAAAGTGTTGCGTGTCGGCAGATTTTATGCCCCTTCAAACAGGACTTTTCACAAACACCTTACCGGCGTCAAATTCCGGCGGCCCTTCTCCCCCGTCATGGAATGGCAGGATTGCACGGTGAAGAAGGAAATAGACGTCCCGATTTCAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057789573.1
MSAAAATAVVALINHHATSGAEKLKPRSLSSHNPFAKKVLRVGRFYAPSNRTFHKHLTGVKFRRPFSPVMEWQDCTVKKEIDVPISVAYQCYSDREAIPEWMPFISSVKILEDKPDLSRWSLKYKAFGRDIEFSWLARNMQPILNQKIHWRSLEGLPNRGAVRFFPKGADSCSVELTVSYEVPPLLTPVASALQPFLESLLVRGLERFANFAKTYSTESRA

XP_057789574.1
MSAAAATAVVALINHHATSGAEKLKPRSLSSHNPFAKKVLRVGRFYAPSNRTFHKHLTGVKFRRPFSPVMEWQDCTVKKEIDVPISVAYQCYSDREAIPEWMPFISSVKILEDKPDLSRWSLKYKAFGRDIEFSWLARNMQPILNQKIHWRSLEGLPNRGAVRFFPKGADSCSVELSCNAAYGFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器