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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000014

染色体: Chr01 坐标: 295734-296318 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000014
名称SmilChr01G000014
描述uncharacterized SmilChr01G000014
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向295734 - 296318 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006432
GeneID131006432
locus_tag-
NCBI NameLOC131006432
原始查询SmilChr01G000014

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0142900
-
identity=24.2; qcov=1; evalue=6.69e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789584.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057789584.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789584.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789584.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789584.1
194 aa
N
1
97
194
RVP_2
Asp_protease_2
gag-asp_proteas
PRO_PEG10-RTL1
C
PF08284 RVP_2 5-108 aa PF13650 Asp_protease_2 7-90 aa PF13975 gag-asp_proteas 8-92 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 12-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789584.1 Pfam PF08284 RVP_2 Domain 5 108 1.7e-25 90.1 Retroviral aspartyl protease
XP_057789584.1 Pfam PF13650 Asp_protease_2 Domain 7 90 2.4e-06 28.9 Aspartyl protease
XP_057789584.1 Pfam PF13975 gag-asp_proteas Domain 8 92 6.9e-07 30.5 gag-polyprotein putative aspartyl protease
XP_057789584.1 Pfam PF30863 PRO_PEG10-RTL1 Domain 12 108 2.3e-08 35.2 PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933601.1
ATGGATACGCTACTCAGCACGCCTGTTATACTTTTGTTCGACACGAGTACTTCACATTCTTTCATTTCAAGTGCATGCGTCGACACTCTAGAACTCAAACAGGAAAGTGCTAATCAGGATATGAGAATTTCTTCACCAATAGGAGGGGTGACGACAGTTACACACGTTTGCTCGAACTTAGATTTGAACATAAGATCACTTAAGGTTGTAGTGAACAACTTGCATGTTATACCAATATGGGACGTGGACGTAATCCTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006432
ATGGATACGCTACTCAGCACGCCTGTTATACTTTTGTTCGACACGAGTACTTCACATTCTTTCATTTCAAGTGCATGCGTCGACACTCTAGAACTCAAACAGGAAAGTGCTAATCAGGATATGAGAATTTCTTCACCAATAGGAGGGGTGACGACAGTTACACACGTTTGCTCGAACTTAGATTTGAACATAAGATCACTTAAGGTTGTAGTGAACAACTTGCATGTTATACCAATATGGGACGTGGACGTAATCCTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789584.1
MDTLLSTPVILLFDTSTSHSFISSACVDTLELKQESANQDMRISSPIGGVTTVTHVCSNLDLNIRSLKVVVNNLHVIPIWDVDVILGMDWLAENYTTILCKEREISFKYPGKDALSFHGISMDRNIPIISALQARKKMNKKDCRAFLVYLDGEAGTERAIEDVKVVREYNDVFPDNLPGLPPNRQVEFTIELEP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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