Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000071

染色体: Chr01 坐标: 1214521-1218950 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000071
名称SmilChr01G000071
描述uncharacterized SmilChr01G000071
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向1214521 - 1218950 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007215
GeneID131007215
locus_tag-
NCBI NameLOC131007215
原始查询SmilChr01G000071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387]; symbol=AT3G62140; hit=AT3G62140; species=arabidopsis; confidence=high
产物NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387]; symbol=AT3G62140; hit=AT3G62140; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G62140 (AT3G62140)
NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387]
identity=53; qcov=1.15; evalue=1.96e-64; confidence=high
RiceOs01g0321800
-
identity=51; qcov=1.04; evalue=4.73e-56; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF10187 (FAM192A_Fyv6_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790350.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057790350.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790350.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790350.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:1214731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr1:1214822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B74,C18
Chr1:1216230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790350.1
186 aa
N
1
93
186
FAM192A_Fyv6_N
C
PF10187 FAM192A_Fyv6_N 18-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790350.1 Pfam PF10187 FAM192A_Fyv6_N Domain 18 104 2.2e-17 63.9 FAM192A/Fyv6, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934367.1
GATGGGCTGGCCCATTGTCGTGGGTGGACAAAGTAGCATGGATTGCAAGGCAAAAGTGGAAAAACAACGATTGTGCTTGTATTTGGTTAGGGAAGCCAATCCCTAGCAATTGCAACGGAACGTTTTTCTGAAACTCAATGAAAATGGCGTGGTGGTTTTGTGTAGGAACAGATACCTAATTCTCTCAGCCAACATTCAACAACTTGTATTGCTTAACCCAACTCCTGCATCTTCAATCGCCGGAGGAATGGCGGATGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007215
ATGGCGGATGATGATTTGCCGCCGCCAATTAGGCTAATGAATTTCGTATCCGAAGATCAGTTGGCAGAAGCTCGGAAGAACAGGGGAGCTAGAGTTGAAGATGGTACTGCTCAGAGAGATAGGCCCCTTTTCGAGATTTTAAAGGAAAATAAGGATAAGAAAGATGCTGAATTCAACGAACGCTTCAAGCACAGGCCACCAAAAGCGCTGGATGAAGATGAGACTGAGTTTCTCGATAAACTGGAAATGTCCAGGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790350.1
MADDDLPPPIRLMNFVSEDQLAEARKNRGARVEDGTAQRDRPLFEILKENKDKKDAEFNERFKHRPPKALDEDETEFLDKLEMSRREHERQIAEEEEQYLRSFQAAVESQYNVVHKLEDSPPAPKDQDKSSVGGKKKARAGSLGMVIKVMPQPKKAKVETRDGKEPETTVTGLVSYSDDSDNDDDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器