当前解析结果
SmilChr01G000071| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000071 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000071 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000071 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 1214521 - 1218950 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007215 |
|---|---|
| GeneID | 131007215 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007215 |
| 原始查询 | SmilChr01G000071 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387]; symbol=AT3G62140; hit=AT3G62140; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387]; symbol=AT3G62140; hit=AT3G62140; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G62140 (AT3G62140)NEFA-interacting nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825387] identity=53; qcov=1.15; evalue=1.96e-64; confidence=high |
| Rice | Os01g0321800- identity=51; qcov=1.04; evalue=4.73e-56; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10187 (FAM192A_Fyv6_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007215 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790350.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057790350.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057790350.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057790350.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790350.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:1214731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr1:1214822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B74,C18 |
Chr1:1216230 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B38 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790350.1PF10187
FAM192A_Fyv6_N 18-104 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790350.1 |
Pfam | PF10187 |
FAM192A_Fyv6_N | Domain | 18 | 104 | 2.2e-17 | 63.9 | FAM192A/Fyv6, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。