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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001179`

染色体: Chr01 坐标: 23836130-23843686 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001179`
名称	SmilChr01G001179
描述	metalloendoproteinase 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	23836130 - 23843686 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003110`
GeneID	`131003110`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003110`
原始查询	`SmilChr01G001179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metalloendoproteinase 1-like
产物	metalloendoproteinase 1-like
Arabidopsis	`AT1G59970` (AT1G59970) Matrixin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842291] identity=43.4; qcov=0.695; evalue=2.01e-61; confidence=medium
Rice	`Os02g0740700` (OsMMP1) - identity=40.7; qcov=0.711; evalue=3.88e-57; confidence=medium
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030198 (extracellular matrix organization); GO:0030574 (collagen catabolic process); GO:0031012 (extracellular matrix)
KEGG	-
Pfam	PF00413 (Peptidase_M10); PF01471 (PG_binding_1); PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057785602.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057785602.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057785602.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057785602.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057785602.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:23836130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A25,C45,C70,C80
`Chr1:23836158`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A11,A24,B103,B111,B119,B132,B23,B33,B42,B43,B47,B60,B67,B99,C18,C3,C7,C86
`Chr1:23836189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B22,B52,C29
`Chr1:23836191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,C71,C79,D5
`Chr1:23836195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,D11
`Chr1:23836199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C87
`Chr1:23836201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B97,C52
`Chr1:23836215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B11
`Chr1:23836226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B135,B3,C44
`Chr1:23836238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,C20,C9
`Chr1:23836239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,C44
`Chr1:23836277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785602.1

394 aa

197

394

PG_binding_1

Peptidase_M10

Myb_DNA-bind_4

PF01471 PG_binding_1 19-81 aa PF00413 Peptidase_M10 113-256 aa PF13837 Myb_DNA-bind_4 291-354 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785602.1`	Pfam	`PF01471`	PG_binding_1	Domain	19	81	2.7e-11	44.2	Putative peptidoglycan binding domain
`XP_057785602.1`	Pfam	`PF00413`	Peptidase_M10	Domain	113	256	1.4e-39	136.3	Matrixin
`XP_057785602.1`	Pfam	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	Domain	291	354	2.5e-10	41.3	Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929619.1
ATGGATTTCCTCCAACCCTTGCTCGGAACCCAAAAAGGAAACCTAACCGAAGGCCTCTCCAAACTCAAGAATCACCTCTCCCGCCTCGGATACCTCACCACCATTCATAAACCCTCCTCCTCTTCACCACCACCACACGATGATCTCTTCGACGGCGCTCTCCAACAAGCTGTAACAGACTACCAATCCTTCTTCAGCCTCCCACCCACCGGCGCCCTCGACGCCGCCACCCTCGCCCACATGGGGAAGCCGCGCTGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003110
ATGGATTTCCTCCAACCCTTGCTCGGAACCCAAAAAGGAAACCTAACCGAAGGCCTCTCCAAACTCAAGAATCACCTCTCCCGCCTCGGATACCTCACCACCATTCATAAACCCTCCTCCTCTTCACCACCACCACACGATGATCTCTTCGACGGCGCTCTCCAACAAGCTGTAACAGACTACCAATCCTTCTTCAGCCTCCCACCCACCGGCGCCCTCGACGCCGCCACCCTCGCCCACATGGGGAAGCCGCGCTGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057785602.1
MDFLQPLLGTQKGNLTEGLSKLKNHLSRLGYLTTIHKPSSSSPPPHDDLFDGALQQAVTDYQSFFSLPPTGALDAATLAHMGKPRCGVRDVSPPNTTAHYTFFPGQPKWPAGRRNLTYSFPPGTRADAHKAILDATNIWASVSPLKFKYTKDYSAADIKISFQSRDHGDGSAFDGSGGILAHAYAPTDGRLHFDGDERWVNGVVGGAFDLQTVGLHELGHVLGLGHSQDGGAVMFPQVGNGFRKVLGKDDIDGIRAFSPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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