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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001186

染色体: Chr01 坐标: 23982661-23985316 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001186
名称SmilChr01G001186
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23982661 - 23985316 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003355
GeneID131003355
locus_tag-
NCBI NameLOC131003355
原始查询SmilChr01G001186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
产物protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
ArabidopsisAT1G25510 (AT1G25510)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839137]
identity=53.3; qcov=0.717; evalue=5.24e-54; confidence=high
RiceOs01g0140100
-
identity=51.4; qcov=0.794; evalue=3.1e-56; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003355

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057785882.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057785882.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785882.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785882.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785882.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23982677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C35
Chr1:23982686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr1:23982731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B133,B50,B77,C13
Chr1:23982736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:23982780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:23982790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C35
Chr1:23982812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C35
Chr1:23982814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C35
Chr1:23982836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr1:23982837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr1:23982858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B71,B90,B92,D6
Chr1:23982883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785882.1
272 aa
N
1
136
272
TAXi_N
TAXi_C
C
PF14543 TAXi_N 61-149 aa PF14541 TAXi_C 173-255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785882.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 61 149 7e-18 66.1 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057785882.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 173 255 1e-15 58.6 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929899.1
ATGGCCGAGAGAGGCGGCAGTGCTGCGGTTCTGATGAGAGGAGGGGTTGGCCGTCGTTCTCCGTGGCAGATGGATCTCAGCGCGGATGTCGTCTCCGGGTACCGGAAAGACGCGAAGATTACTTCACCAACACGTCGGCGGTCAGCTGAACGTGACGGTAGAGGTTCACGGACGGTTGCTGGCGCAGCAAGATCTCAGGTTTTGTACGGTGACGCCTCCCACACCATCGGAAACTTCGCCACCGTAACCATCTCCTTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003355
ATGGCCGAGAGAGGCGGCAGTGCTGCGGTTCTGATGAGAGGAGGGGTTGGCCGTCGTTCTCCGTGGCAGATGGATCTCAGCGCGGATGTCGTCTCCGGGTACCGGAAAGACGCGAAGATTACTTCACCAACACGTCGGCGGTCAGCTGAACGTGACGGTAGAGGTTCACGGACGGTTGCTGGCGCAGCAAGATCTCAGGTTTTGTACGGTGACGCCTCCCACACCATCGGAAACTTCGCCACCGTAACCATCTCCTTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785882.1
MAERGGSAAVLMRGGVGRRSPWQMDLSADVVSGYRKDAKITSPTRRRSAERDGRGSRTVAGAARSQVLYGDASHTIGNFATVTISFGSSGTVDNVAIGCGHDNGGLFFGAAGLLGLGGGASSLPAQIKATSFSYCLVDRDSNSSSTLDFNSIPPADSVAAPLVDNPSNDAYRYVPMTGISVGGEAVKFAASLLEMGSDGSGGMIVDSGTTVTRLRRDVYGLVRDAFRNKTSALPWVGDYALFDTCYDLPSLSKARIPMVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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