Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001380

染色体: Chr01 坐标: 27191111-27194576 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001380
名称SmilChr01G001380
描述protein ETHYLENE INSENSITIVE 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27191111 - 27194576 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017626
GeneID131017626
locus_tag-
NCBI NameLOC131017626
原始查询SmilChr01G001380

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ETHYLENE INSENSITIVE 3-like
产物protein ETHYLENE INSENSITIVE 3-like
ArabidopsisAT3G20770 (EIN3)
Ethylene insensitive 3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821625]
identity=60.1; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0324300 (EIL1)
-
identity=52.5; qcov=0.938; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04873 (EIN3_DNA-bd); PF27048 (EIN3_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017626

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802424.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802424.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802424.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802424.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057802424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27191423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:27191511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,D11
Chr1:27191903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:27191940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B107,C38
Chr1:27192054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B127,B20,B99,C1
Chr1:27192336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B50,C40,C9
Chr1:27192391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C13
Chr1:27192642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:27193053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C46
Chr1:27193095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802424.1
615 aa
N
1
308
615
EIN3_N
EIN3_DNA-bd
C
PF27048 EIN3_N 87-158 aa PF04873 EIN3_DNA-bd 178-299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802424.1 Pfam PF27048 EIN3_N Domain 87 158 1.6e-45 153.3 Ethylene insensitive 3, N-terminal domain
XP_057802424.1 Pfam PF04873 EIN3_DNA-bd Domain 178 299 1.8e-71 238.6 Ethylene insensitive 3, DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946441.1
TGTTAATACACTGTTTGGACACAATTGAACAGAGAACGTCTCCGTGTTAAATGCGTCTACACTTGTGTAGTAAATTCCACTTATTACTTTCAGAGTGGAATTATTCATCTCATAAATCTGGTAATATATTCATTCTCTCATCCCAATCTCCATGTTCAAAGAGATGCTGCTCCTCTGAATCTGACCATTTTTATCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCGCCACTGTAATTAATCCTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017626
ATGATGATGTTCGAGGATATGGGGTTCTGTGGCGATCTCGATTTCTTTTCGTCTGCTCCGATGAAGGAAGCAGATGTATGTGCTCTGCAGTCTGCGGAGGCCGAGGCCGATGCAGTCGTGGAGGATGACTACACCGATGATGAGATCGACGTGGATGAGCTCGAGCGGAGGATGTGGAGGGATAAGATGCGGTTGAAGAGGCTCAAGGAGATGCACAAGGGGAAGGAAGGCGTTGATGCTGCGAAGCAGCGTCAGTCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802424.1
MMMFEDMGFCGDLDFFSSAPMKEADVCALQSAEAEADAVVEDDYTDDEIDVDELERRMWRDKMRLKRLKEMHKGKEGVDAAKQRQSQEQARRKKMSRAQDGILKYMLKMMEVCKAQGFVYGIIPEKGKPVSGASDNLREWWKDKVRFDRNGPAAIAKYQADNAIPGKNEGSNPVGPTPHTLQELQDTTLGSLLSALMQHCDPPQRRFPLEKGVPPPWWPTGKEEWWHQLGLQKDQGSPPYKKPHDLKKAWKVGVLTAVIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器