当前解析结果
SmilChr01G001448| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001448 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001448 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001448 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 28179537 - 28181410 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005584 |
|---|---|
| GeneID | 131005584 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005584 |
| 原始查询 | SmilChr01G001448 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G29750 (AT3G29750)Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822661] identity=27.1; qcov=0.272; evalue=2.03e-08; confidence=weak |
| Rice | Os04g0191000- identity=34.7; qcov=0.939; evalue=4.18e-87; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF08284 (RVP_2); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005584 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057788578.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057788578.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057788578.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788578.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788578.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:28179563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B105,B114,B84,C42 |
Chr1:28179593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,D5 |
Chr1:28179624 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:28179656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A11,B104,C48,D3 |
Chr1:28179656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B104,C48,D3 |
Chr1:28179680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B13,B15,B37,C27,C58,C76 |
Chr1:28179695 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B114,B35,B84,D5 |
Chr1:28179709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B123,B6,B87,C67 |
Chr1:28179714 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C56 |
Chr1:28179733 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 39 | A10,A18,A2,B100,B104,B108,B117,B118,B138,B17,B2,B21,B25,B30,B36,B37,B4,B42,B45,B54,B62,B64,B8,B81,B85,C13,C23,C33,C37,C38,C43,C44,C50,C69,C71,C80,C83,D3,D4 |
Chr1:28179736 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 35 | A14,A15,B118,B119,B120,B129,B131,B134,B136,B27,B29,B41,B47,B61,B83,B97,C1,C17,C23,C30,C33,C39,C4,C43,C46,C47,C50,C51,C64,C65,C66,C74,C79,C84,C9 |
Chr1:28179742 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | B1,B10,B115,B124,B126,B135,B136,B138,B22,B23,B61,B7,B73,B85,C11,C25,C45,C54,C68,C69,C83,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788578.1PF08284
RVP_2 185-285 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 189-286 aa
PF00078
RVT_1 390-539 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788578.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 185 | 285 | 4.6e-11 | 43.4 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057788578.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 189 | 286 | 1.2e-08 | 36.1 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057788578.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 390 | 539 | 6e-33 | 115.1 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。