Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001452`

染色体: Chr01 坐标: 28209347-28211725 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001452`
名称	SmilChr01G001452
描述	uncharacterized SmilChr01G001452
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28209347 - 28211725 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018249`
GeneID	`131018249`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018249`
原始查询	`SmilChr01G001452`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G14110` (AT2G14110) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897] identity=70; qcov=1; evalue=8.15e-101; confidence=high
Rice	`Os03g0737400` (OSJNBb0016H12.23) - identity=67.8; qcov=0.914; evalue=9.06e-90; confidence=high
GO	GO:0003993 (acid phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00702 (Hydrolase); PF12689 (Acid_PPase); PF13419 (HAD_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018249

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057802958.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057802958.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057802958.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802958.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802958.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28209621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B49
`Chr1:28209621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:28209699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr1:28209898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr1:28211628`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C37,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802958.1

187 aa

187

Acid_PPase

Hydrolase

HAD_2

Acid_PPase

PF12689 Acid_PPase 20-42 aa PF00702 Hydrolase 41-133 aa PF13419 HAD_2 44-144 aa PF12689 Acid_PPase 47-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802958.1`	Pfam	`PF12689`	Acid_PPase	Family	20	42	3.4e-38	131.9	Acid Phosphatase
`XP_057802958.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	41	133	9.7e-10	39.9	haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057802958.1`	Pfam	`PF13419`	HAD_2	Family	44	144	1.4e-09	38.9	Haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057802958.1`	Pfam	`PF12689`	Acid_PPase	Family	47	162	3.4e-38	131.9	Acid Phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946975.1
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAGACGAGCGGGTGAAGAAAGAGGCTATGGAGATGATGGATCAATTTGAGGTGCTGCCTCGTCTTGTCGTCTTTGACCTCGATTATACTCTCTGGCCCTTCTACTGTGAATGTCTCTCCAAGCGTGACATGCCATCACTATATCCGCATGCCAAAGGCATAATACATGCTCTCAAGGATAAAGGTATTGATATCGCTGTTGCCTCAAGATCACCAGCTCCGGATATAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018249
ATGGGAGACGAGCGGGTGAAGAAAGAGGCTATGGAGATGATGGATCAATTTGAGGTGCTGCCTCGTCTTGTCGTCTTTGACCTCGATTATACTCTCTGGCCCTTCTACTGTGAATGTCTCTCCAAGCGTGACATGCCATCACTATATCCGCATGCCAAAGGCATAATACATGCTCTCAAGGATAAAGGTATTGATATCGCTGTTGCCTCAAGATCACCAGCTCCGGATATAGCCAACAGTTTTCTTGAGAAATTGGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802958.1
MGDERVKKEAMEMMDQFEVLPRLVVFDLDYTLWPFYCECLSKRDMPSLYPHAKGIIHALKDKGIDIAVASRSPAPDIANSFLEKLGIKSMFVAQEIFSSWTHKTDHFQKLKQRTGVPYNEMLFFDDEDRNIQAVSKMSVTSILVDDGVDLGALRQGLSKFSQNRSALEKNKQRWRNFSQKSTSSENQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器