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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001713

染色体: Chr01 坐标: 31598249-31600621 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001713
名称SmilChr01G001713
描述putative phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31598249 - 31600621 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020277
GeneID131020277
locus_tag-
NCBI NameLOC131020277
原始查询SmilChr01G001713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 2
产物putative phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 2
ArabidopsisAT3G44830 (AT3G44830)
Lecithin:cholesterol acyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823617]
identity=64.5; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0444200 (P0046G12.50-1)
-
identity=59.2; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008374 (GO:0008374)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02450 (LCAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057804974.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057804974.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057804974.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057804974.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31598378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B6,B63,C47
Chr1:31598389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:31598486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B65,B8
Chr1:31598515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr1:31598574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,C37,C61,C82
Chr1:31598590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B101,B139,B22,C51
Chr1:31598629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C74
Chr1:31598911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C18
Chr1:31598923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B15,B40,B52,B6
Chr1:31599039 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr1:31599039 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B32
Chr1:31599104 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 35 A19,A4,B101,B108,B110,B117,B123,B125,B132,B134,B136,B15,B24,B42,B43,B46,B52,B6,B71,B78,B79,B81,B90,B92,B98,C16,C30,C47,C52,C54,C56,C72,D5,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804974.1
647 aa
N
1
324
647
LCAT
C
PF02450 LCAT 125-607 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804974.1 Pfam PF02450 LCAT Family 125 607 1.3e-65 222.9 Lecithin:cholesterol acyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948991.1
TAGAAATTCGATGCAATGGCTGCAATTCTGCGGTTCCGGAAGCTGTGCTTTCTGGAGCCCTCACCCTCATCATGTAATAATATCAATCCAAAAGTTGAGAAAAAAAATGATTGCAAGAATTGTAGTTGTGAAGAAAATGGAACAAGGAAGAAGAGGGAATGGAGGTGCATAGATTCATGCTGCTGGATCATCGGATTGCTCTGCACGACGTGGTGGCTGCTGCTCTTCCTACACCACTGCATGCCGCCCAATTTTCCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020277
ATGGCTGCAATTCTGCGGTTCCGGAAGCTGTGCTTTCTGGAGCCCTCACCCTCATCATGTAATAATATCAATCCAAAAGTTGAGAAAAAAAATGATTGCAAGAATTGTAGTTGTGAAGAAAATGGAACAAGGAAGAAGAGGGAATGGAGGTGCATAGATTCATGCTGCTGGATCATCGGATTGCTCTGCACGACGTGGTGGCTGCTGCTCTTCCTACACCACTGCATGCCGCCCAATTTTCCGGGGGCGGAGCCGCCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804974.1
MAAILRFRKLCFLEPSPSSCNNINPKVEKKNDCKNCSCEENGTRKKREWRCIDSCCWIIGLLCTTWWLLLFLHHCMPPNFPGAEPPGARLRRQGVSAHHPVVLVPGIVTGGLELWEGRPCSDGLFRQRLWAGSFAHIFKRPMCWLEHMSLDNETGLDPAGIRVRPVSGLVAADYFTPGYFVWANLIENLARIGYEEKNMYMAAYDWRLSFHNTQLRDQSLSRLKSKIELMYVTNGYKKVVVVPHSMGANYFLHFIKWVEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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