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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001762

染色体: Chr01 坐标: 32371444-32381250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001762
名称SmilChr01G001762
描述fatty acyl-CoA reductase 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向32371444 - 32381250 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020415
GeneID131020415
locus_tag-
NCBI NameLOC131020415
原始查询SmilChr01G001762

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述fatty acyl-CoA reductase 3-like
产物fatty acyl-CoA reductase 3-like
ArabidopsisAT4G33790 (CER4)
Jojoba acyl CoA reductase-related male sterility protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829521]
identity=52.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0298700
-
identity=47.2; qcov=1.01; evalue=2.5e-160; confidence=high
GOGO:0010345 (suberin biosynthetic process); GO:0035336 (long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle); GO:0080019 (alcohol-forming very long-chain fatty acyl-CoA reductase activity)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03015 (Sterile); PF07993 (NAD_binding_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020415

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057805177.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057805177.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057805177.1
4 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.20000 XP_057805177.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805177.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:32371777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:32371811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B1,C39,C9
Chr1:32373945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:32375765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,C55,C79,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805177.1
485 aa
N
1
242
485
NAD_binding_4
Sterile
C
PF07993 NAD_binding_4 17-313 aa PF03015 Sterile 410-484 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805177.1 Pfam PF07993 NAD_binding_4 Family 17 313 1.6e-74 251.1 Male sterility protein
XP_057805177.1 Pfam PF03015 Sterile Family 410 484 2.4e-15 57.2 Male sterility protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949194.1
CTTAGATTACTACTTCATTCTTGAACTAATTTTCGGTTGTTTGTGATGGAATTGCACAACATACTTCACTTTCTTGAAAACAAAAGCATTCTTCTCACTGGTGCCACTGGCTTTCTTGCAAAGGTTGTGATTGAGAAGATAATTAGGGTTCAACCAAATGTGAAGAAGCTATATCTTCTGCTGAGGGCCGCTGATTCTTTATCAGCTTTACATCGTTTTAATACGGAGGTGATGGAGAAGGACTTGTTTAAGGTAGTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020415
ATGGAATTGCACAACATACTTCACTTTCTTGAAAACAAAAGCATTCTTCTCACTGGTGCCACTGGCTTTCTTGCAAAGGTTGTGATTGAGAAGATAATTAGGGTTCAACCAAATGTGAAGAAGCTATATCTTCTGCTGAGGGCCGCTGATTCTTTATCAGCTTTACATCGTTTTAATACGGAGGTGATGGAGAAGGACTTGTTTAAGGTAGTGAGGAAGAAATATGGACCAAAACTGGATTCTCTTATCCAGGAAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805177.1
MELHNILHFLENKSILLTGATGFLAKVVIEKIIRVQPNVKKLYLLLRAADSLSALHRFNTEVMEKDLFKVVRKKYGPKLDSLIQEKITVLSGDITLDCLGLQNSYLEELFGQVEIIINLAATTNFDERYDFALGVNTIGAANVLSFSKKCRKLRMFLHVSTAYVSGEKEGLILETPLKLGDVLGLDIDMENKIIQQNLQQLRADAATQNYTTSVMRDLGLQRARKYGWPNTYSFTKAMGEMVLGQFKENIPLIIIRPTII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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