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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002003`

染色体: Chr01 坐标: 35530783-35532879 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002003`
名称	SmilChr01G002003
描述	DNA-directed RNA polymerase II subunit 4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	35530783 - 35532879 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022684`
GeneID	`131022684`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022684`
原始查询	`SmilChr01G002003`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase II subunit 4
产物	DNA-directed RNA polymerase II subunit 4
Arabidopsis	`AT5G09920` (NRPB4) RNA polymerase II, Rpb4, core protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830853] identity=89.1; qcov=1; evalue=4.79e-91; confidence=high
Rice	`Os02g0116900` - identity=77.5; qcov=1.03; evalue=2.06e-75; confidence=high
GO	GO:0000166 (nucleotide binding); GO:0000288 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay); GO:0000932 (P-body); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter); GO:0031369 (translation initiation factor binding); GO:0031990 (mRNA export from nucleus in response to heat stress); GO:0034402 (GO:0034402); GO:0045948 (positive regulation of translational initiation)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03874 (RNA_pol_Rpb4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022684

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808182.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057808182.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808182.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808182.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808182.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:35530980`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B59,C50,D10
`Chr1:35530981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B59,C50,D10
`Chr1:35531388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B89
`Chr1:35531402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B59,C50,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808182.1

138 aa

138

RNA_pol_Rpb4

PF03874 RNA_pol_Rpb4 23-132 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808182.1`	Pfam	`PF03874`	RNA_pol_Rpb4	Family	23	132	1.3e-27	97.1	RNA polymerase Rpb4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952199.1
AAGACAAAATCTCAATTAGTGTTGAATGTCGGGGTCCAAAATCGAATAAACAAAAGTAGATAACCCAATTTAAAGTTTCAGAAATCCCATCTATATAAGAAGCGCACCCCAAAACCCAAAAAGTCTGCAGAAAATTTAAACATTATTTCTTCAAAAATCGCTACTGCGATCTTTCTTTCCGGTTAGATTTTTGCTTGGAAAATCGAAGATGTCGACGGAAGAAGAGGAGAATGCCGCCGAGCTCAAAATTCCCGATGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022684
ATGTCGACGGAAGAAGAGGAGAATGCCGCCGAGCTCAAAATTCCCGATGAATTTTTGAAGGCCAAATGTCTTATGAATTGTGAAGTTTCCCTTATACTTGAACATAAATATGAGCAGCTTCAGCAGATGGCCGATGATCCATTGAATCAAATGTCTCAGGTGTTTGAGAAATCACTCCAATATGTGAAGCGCTTTAGCCGATACAAGAACCCTGATGCTGTCAGACAAGTTCGAGAAATTCTTAGCAGATATCAGCTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808182.1
MSTEEEENAAELKIPDEFLKAKCLMNCEVSLILEHKYEQLQQMADDPLNQMSQVFEKSLQYVKRFSRYKNPDAVRQVREILSRYQLAEFELCVLGNLCPETVEEAIAMVPSIKTRGRAHDDEAIEKMLNDLSLIKKFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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