Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002313`

染色体: Chr01 坐标: 40115931-40121591 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002313`
名称	SmilChr01G002313
描述	uncharacterized SmilChr01G002313
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40115931 - 40121591 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015273`
GeneID	`131015273`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015273`
原始查询	`SmilChr01G002313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0563000; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os10g0563000; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G60340` (AT3G60340) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825205] identity=59.9; qcov=0.971; evalue=2e-148; confidence=high
Rice	`Os10g0563000` - identity=71; qcov=0.807; evalue=4.08e-155; confidence=high
GO	GO:0016790 (thiolester hydrolase activity); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG	smil00062 (Fatty acid elongation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01674 (Lipase_2); PF02089 (Palm_thioest)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057799585.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057799585.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799585.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799585.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799585.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40116266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr1:40118123`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B28
`Chr1:40118123`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B28
`Chr1:40118364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr1:40118524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B23,C26,C29,C76
`Chr1:40118873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,C20,C46,C6
`Chr1:40118890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:40119424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,C23,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799585.1

342 aa

171

342

Lipase_2

Palm_thioest

PF01674 Lipase_2 22-227 aa PF02089 Palm_thioest 23-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799585.1`	Pfam	`PF01674`	Lipase_2	Domain	22	227	5.1e-05	23.6	Lipase (class 2)
`XP_057799585.1`	Pfam	`PF02089`	Palm_thioest	Domain	23	273	4.2e-77	260.0	Palmitoyl protein thioesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943602.1
GAGATTAAATGTGGGGAATAAGATAAAGAATTAATGGAATTAAAACAGTATGGGAGTGGTAGATAGTGAGCAGCAGAAACAAGAAAACACAAGTAAATACGCCATAGACAATGGGCAACGCCAATTGGCTAAAACTGAAGGTTGATGATCGCCCAGACTGGTAGAAGAAGCAACCAATCATAAAGTTCTCAACTATAAACTGGCAGATCAATCAAAATACCTAACCGTATTTCCTGCAAAAGTTCTTGGACAAAGAGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015273
ATGAGGTCTTCTGCACCAATATGTTGCTTCATCCTCACTTTTCTCATTCCTGTTTCACTTTCGGTTCCTTTCATCGTGCTCCATGGAATTGGAGACCAGTGTTCTAACAAAGGAGTAAAGCAATTTACAGAGGAGCTAAGCCAGTTTTCAGAATCTAAAGGATACTGCTTAGAAATTGGAGATGGGACATGGGATTCTTGGTTTAAGACCCTTCAAGAACAGACAGAAATGGCATGTAATAAGGTCAAGCAAATGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799585.1
MRSSAPICCFILTFLIPVSLSVPFIVLHGIGDQCSNKGVKQFTEELSQFSESKGYCLEIGDGTWDSWFKTLQEQTEMACNKVKQMKELQDGYNVVGLSQGNLIGRGIVQFCDGGPPVKNFISLGGPHAGTASVPLCGTGIFCIIADNLIKSEIYSDYVQAHLAPSGYLKLPNNIAAYLSKCSFLPKINNEIPDERNATYKQRFTSLQNLVLIMFEHDTVLIPKETSWFGYYPDGAFSPILSPQQTKLYSEDWIGLKTLEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器