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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002617`

染色体: Chr01 坐标: 44448117-44454853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002617`
名称	SmilChr01G002617
描述	probable NOT transcription complex subunit VIP2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44448117 - 44454853 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985149`
GeneID	`130985149`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985149`
原始查询	`SmilChr01G002617`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable NOT transcription complex subunit VIP2
产物	probable NOT transcription complex subunit VIP2
Arabidopsis	`AT1G07705` (AT1G07705) NOT2 / NOT3 / NOT5 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837284] identity=52.3; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0782200` - identity=45.6; qcov=1.11; evalue=7.88e-165; confidence=high
GO	GO:0000289 (nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening); GO:0000932 (P-body); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0030015 (CCR4-NOT core complex)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04153 (NOT2_3_5_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985149

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057763940.1`
2	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	1.00000	`XP_057763940.1`
3	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	1.00000	`XP_057763954.1`
4	P-body	P-body	0.40000	`XP_057763940.1`
5	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057763940.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44450876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B15
`Chr1:44450877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B15
`Chr1:44450953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr1:44453436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B78
`Chr1:44453478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B52,B89,C34,C36
`Chr1:44453789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763940.1

557 aa

278

557

NOT2_3_5_C

PF04153 NOT2_3_5_C 426-547 aa

XP_057763946.1

557 aa

278

557

NOT2_3_5_C

PF04153 NOT2_3_5_C 426-547 aa

XP_057763954.1

556 aa

278

556

NOT2_3_5_C

PF04153 NOT2_3_5_C 425-546 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763940.1`	Pfam	`PF04153`	NOT2_3_5_C	Domain	426	547	1.6e-39	135.6	NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
`XP_057763946.1`	Pfam	`PF04153`	NOT2_3_5_C	Domain	426	547	1.6e-39	135.6	NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
`XP_057763954.1`	Pfam	`PF04153`	NOT2_3_5_C	Domain	425	546	1.8e-39	135.4	NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907957.1
AAATACAACACTAAAAATAAAAGAATCCCTATAATTTCATTCAGAACCGCGGCGCTGCTATTCTTCTTCTTCTTCACCAGATTTCTCAGAACCGGCGCGCCGCTCTTCTTCTTCACCGGATTTCTCCTCCAAGCTTCTTCTTCATTTCGGTTGCTATAAGATTAGGATCATAGGTAATAGGAGCTCTATCCGGAGAAGAATGACCTTTTGCCTTTTGGTTTGAGGATTCACAATGTCGGGGGTACTGAGTTCAGGTTTGA...

XM_057907971.1
CTAAAAATAAAAGAATCCCTATAATTTCATTCAGAACCGCGGCGCTGCTATTCTTCTTCTTCTTCACCAGATTTCTCAGAACCGGCGCGCCGCTCTTCTTCTTCACCGGATTTCTCCTCCAAGCTTCTTCTTCATTTCGGTTGCTATAAGATTAGGATCATAGGTAATAGGAGCTCTATCCGGAGAAGAATGACCTTTTGCCTTTTGGTTTGAGGATTCACAATGTCGGGGGTACTGAGTTCAGGTTTGAATGGATCAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130985149
ATGTCGGGGGTACTGAGTTCAGGTTTGAATGGATCAAATTCAAATATTCCGGATAACACTGGAAGAGCTTTTGCAACTTCCTTTTCTGCGCAATCAGGTTCCTCCGGAGCTGTCTTAAACCAGTCTGGCGGTAACCTTCAAGGGCTTCACAATATCCATAGTAGCTTTAACATGTCAAGCATGCCCGGGCCTTATGCATCAAGAAATTCAGGAAATATTGGTGGTCTTCCAAATGGTGTCCAACAGGCTCCAGGAAGTGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057763940.1
MSGVLSSGLNGSNSNIPDNTGRAFATSFSAQSGSSGAVLNQSGGNLQGLHNIHSSFNMSSMPGPYASRNSGNIGGLPNGVQQAPGSVSNGRYAINSLPNALSQLSLGSSHGHSGLNNSGGPGVLPNMGNSGRITNTIGGLVGGGNASRGASSTGVGNIPGLASRLNLAAPQVVSMLGNSYSGAGVPLSQNQFQAGNNNFSFMALLNESNAHDNATFDVNDFPQLSGRPPSAGGSHGQIGMMQKHNIGFGQQNQEFSIQNE...

XP_057763946.1
MSGVLSSGLNGSNSNIPDNTGRAFATSFSAQSGSSGAVLNQSGGNLQGLHNIHSSFNMSSMPGPYASRNSGNIGGLPNGVQQAPGSVSNGRYAINSLPNALSQLSLGSSHGHSGLNNSGGPGVLPNMGNSGRITNTIGGLVGGGNASRGASSTGVGNIPGLASRLNLAAPQVVSMLGNSYSGAGVPLSQNQFQAGNNNFSFMALLNESNAHDNATFDVNDFPQLSGRPPSAGGSHGQIGMMQKHNIGFGQQNQEFSIQNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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