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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002720

染色体: Chr01 坐标: 45484868-45486681 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002720
名称SmilChr01G002720
描述1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45484868 - 45486681 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986161
GeneID130986161
locus_tag-
NCBI NameLOC130986161
原始查询SmilChr01G002720

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
产物1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7-like
ArabidopsisAT4G26200 (ACS7)
1-amino-cyclopropane-1-carboxylate synthase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828726]
identity=75.8; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0196600 (ACC3*)
-
identity=64.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0008483 (transaminase activity); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGGsmil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765447.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765447.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057765447.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765447.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45485261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B11,B70,B81,C64
Chr1:45485402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B41,B67,C20,C56
Chr1:45485628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C21
Chr1:45485813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:45485877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B49
Chr1:45486017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:45486313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B78
Chr1:45486318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:45486332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:45486549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr1:45486582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765447.1
444 aa
N
1
222
444
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 52-431 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765447.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 52 431 6.2e-95 319.1 Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909464.1
ACACCAATTAGCCTCATTCAAACATCTTCACATCCCCTTTTTAGACAAACAAAAACAAATGGCGATTAAATCGTTAGAGCAGCCCGCCGCCGCCGTTAGCCTATCGAGAATCGCAGTTTCCGACACTCACGGCGAGGACTCGCCGTACTTCGCCGGCTGGAAAGCTTACGATGAAAATCCCTACCACGAATCTTCCAACCCTTCCGGTGTCATACAAATGGGACTCGCGGAAAATCAAGTTTCATTTGATCTCCTCGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986161
ATGGCGATTAAATCGTTAGAGCAGCCCGCCGCCGCCGTTAGCCTATCGAGAATCGCAGTTTCCGACACTCACGGCGAGGACTCGCCGTACTTCGCCGGCTGGAAAGCTTACGATGAAAATCCCTACCACGAATCTTCCAACCCTTCCGGTGTCATACAAATGGGACTCGCGGAAAATCAAGTTTCATTTGATCTCCTCGAGAAATACCTTGAAAAGAATTCCTCAGACGCTACCAGCAGCGGCAGAGCTTCTAGTTTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765447.1
MAIKSLEQPAAAVSLSRIAVSDTHGEDSPYFAGWKAYDENPYHESSNPSGVIQMGLAENQVSFDLLEKYLEKNSSDATSSGRASSFKENALFQDYHGLLSFRKAMASFMGQIRGGRAKFDPERIVITAGATAANELLTFILADPGDALLVPTPYYPGFDRDLRWRTGVNIVPIHCDSSNSFEITPAALESAYEDAESRGLRVRGVLITNPSNPLGATVKRAVLEQVLDFASRRNIHLVSDEIYSGSAFSDGEFVSIAEIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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