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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002885

染色体: Chr01 坐标: 47460800-47461832 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002885
名称SmilChr01G002885
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47460800 - 47461832 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987911
GeneID130987911
locus_tag-
NCBI NameLOC130987911
原始查询SmilChr01G002885

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF017
产物ethylene-responsive transcription factor ERF017
ArabidopsisAT1G19210 (AT1G19210)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838504]
identity=51.8; qcov=0.948; evalue=5.23e-58; confidence=high
RiceOs02g0781300 (OsERF#011)
-
identity=62.9; qcov=0.424; evalue=1.57e-29; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767601.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767601.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767601.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767601.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47461137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B57,C54
Chr1:47461160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C16,D2
Chr1:47461197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:47461213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:47461227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:47461313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B6
Chr1:47461317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:47461364 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B26
Chr1:47461364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:47461383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:47461389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C83
Chr1:47461428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767601.1
210 aa
N
1
105
210
AP2
C
PF00847 AP2 29-79 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767601.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 29 79 1.2e-11 45.5 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911618.1
ACTCATGCTCATCTTCATCCAACTCCACTTATTTTCCCCTTTGACAAAATTCAAAATTCTCACTCCTAAATCCTAATTGACATGGTGAAATCACCTGAGAAGCAGCACCAACCTTCCTCCGCCGCCGCTTTGGAGGTCGTTCGAGAAGCTTCCTCTTCCTCCTCCTGCAAATACAAGGGCGTGCGTAAGCGTAAGTGGGGGAAATACGTCTCCGAGATCAGGCTCCCTAACTGCAGGGAGAGGATATGGCTCGGATCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987911
ATGGTGAAATCACCTGAGAAGCAGCACCAACCTTCCTCCGCCGCCGCTTTGGAGGTCGTTCGAGAAGCTTCCTCTTCCTCCTCCTGCAAATACAAGGGCGTGCGTAAGCGTAAGTGGGGGAAATACGTCTCCGAGATCAGGCTCCCTAACTGCAGGGAGAGGATATGGCTCGGATCCTACGACACGGCGGAGAAGGCGGCGCGTGCCTTCGACGCCGCCCTCTATTGCCTCCGCGGCGGAAACGCCAAGTTCAATTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767601.1
MVKSPEKQHQPSSAAALEVVREASSSSSCKYKGVRKRKWGKYVSEIRLPNCRERIWLGSYDTAEKAARAFDAALYCLRGGNAKFNFPDNPPEIENGRSMTPAEIQVAAARFAHAAAGAETSGRVDDLDSQSDSSEALQHAESPCPSVSDMTNIPLDNVFLDQFLTLSTDNNISDFGLFPGFDDLSGDFLAPPDYYWPDNTDELSSQLWNF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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