当前解析结果
SmilChr01G003072| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003072 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003072 |
| 描述 | GATA transcription factor 28 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49569154 - 49572987 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989769 |
|---|---|
| GeneID | 130989769 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989769 |
| 原始查询 | SmilChr01G003072 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GATA transcription factor 28 |
| 产物 | GATA transcription factor 28 |
| Arabidopsis | AT1G51600 (ZML2)ZIM-LIKE 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841585] identity=54.9; qcov=1.03; evalue=3.49e-102; confidence=high |
| Rice | Os06g0698900 (OsTIFY2b)- identity=55.2; qcov=0.865; evalue=1.75e-82; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00320 (GATA); PF06200 (tify); PF06203 (CCT); PF09425 (Jas_motif) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989769 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769853.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769853.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769853.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769853.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057769853.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49569964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,B98,C48,C53 |
Chr1:49570044 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 49 | A13,A15,A18,A25,B10,B11,B117,B121,B124,B127,B13,B17,B24,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B41,B45,B46,B47,B50,B57,B62,B73,B77,B9,B97,C11,C12,C2,C21,C24,C35,C4,C42,C43,C45,C56,C62,C65,C69,C75,D10,D11,D8,D9 |
Chr1:49570122 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 45 | A13,A15,A25,B10,B11,B117,B121,B124,B127,B17,B24,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B41,B45,B47,B50,B57,B62,B73,B74,B77,B9,C11,C12,C2,C24,C35,C4,C42,C43,C45,C56,C62,C65,C69,C75,D10,D11,D8,D9 |
Chr1:49571002 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B24,C2,C35,C75 |
Chr1:49571028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr1:49571063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C62 |
Chr1:49571236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B33,C75 |
Chr1:49571236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,C75 |
Chr1:49571289 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,B98,C48,C53 |
Chr1:49572103 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A15,A25,B11,B117,B124,B127,B13,B17,B24,B29,B3,B30,B32,B33,B41,B45,B46,B50,B57,B62,B73,B74,B77,B9,B97,C12,C2,C24,C35,C4,C42,C43,C65,C69,C75,D10,D11,D8,D9 |
Chr1:49572114 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B81 |
Chr1:49572114 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769853.1PF06200
tify 80-112 aa
PF09425
Jas_motif 144-167 aa
PF06203
CCT 145-187 aa
PF00320
GATA 219-255 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769853.1 |
Pfam | PF06200 |
tify | Domain | 80 | 112 | 2.9e-12 | 46.4 | tify domain |
XP_057769853.1 |
Pfam | PF09425 |
Jas_motif | Motif | 144 | 167 | 1.3e-06 | 28.8 | Jas motif |
XP_057769853.1 |
Pfam | PF06203 |
CCT | Motif | 145 | 187 | 2.3e-15 | 57.1 | CCT motif |
XP_057769853.1 |
Pfam | PF00320 |
GATA | Domain | 219 | 255 | 6.1e-13 | 48.8 | GATA zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。